• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2022 Fiscal Year Research-status Report

Development and Implementation of Accurate and Fast Arbitrary Shaped Cluster Detection Method

Research Project

Project/Area Number 21K11791
Research InstitutionNagoya City University

Principal Investigator

大谷 隆浩  名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 講師 (30726146)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Keywords空間疫学 / スキャン統計量 / 空間データ / クラスター
Outline of Annual Research Achievements

位置情報を付加した空間医学データをもとに疾病の発生との関連が強い箇所 (クラスター) を検出しその統計的有意性を判定する方法として,最大尤度比に基づくスキャン統計量が提案され,空間疫学研究や症候サーベイランスなどの分野で重要なツールになっている。本研究では多様な形式の空間データから精確に複数のクラスターを検出し,その統計的有意性を適切に判定する統計解析ソフトウェアについて検討する。新たなソフトウェアを開発するとともに,空間疫学研究の大規模な実データを用いた実証研究を行うことでその有効性の評価を行う。
2022年度は,前年度までに開発した複数のクラスターの検出と統計的有意性の評価を行う解析ソフトウェアについて,並列処理による高速化を検討した。空間スキャン統計量は原則として一つのクラスターのみを検出し有意性を評価するが,実際にはクラスターが複数ある場面も多い。このような場合に,情報量基準の視点から適切な集積期間の数を選択してそれらを同定し,全体としての統計的有意性の評価を行う手法 (Takahashi & Shimadzu, 2018) が提案され,計算機シミュレーションにより有効性が示されている。この手法を用いて疾病の地域集積性および時間集積性を検出する解析ソフトウェアを前年度までに開発してきたが,データが大きくなるにつれて計算時間がかかることが問題となっていた。そこで,並列処理による高速化を行い,計算機実験によりその有効性を確認した。
さらに,空間疫学研究においてはリスクの高い地域だけでなく低い地域についても検出できることが望ましいため,これまでに開発してきた統計解析ソフトウェア「R」用パッケージを拡張し,疾病の発生が少ない地域を検出する機能を実装してオープンソースソフトウェアとして公開した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

解析ソフトウェアの並列化により,複数のクラスターの検出と統計的有意性の評価を高速に実行できることを確認した。さらに,R用パッケージの拡張を行い,疾病の発生の少ない地域を検出する機能を実装した。このパッケージはオープンソースソフトウェアとして公開しており,Rにインストールすることで広く一般に利用可能としている。これらの研究開発の結果については論文投稿に向けて成果をまとめている段階である。さらに,実際の疫学研究での利用についても共同研究として進められていることから,おおむね順調に進展していると判断する。

Strategy for Future Research Activity

本研究で実施したソフトウェアの並列化により、疾病の集積性の解析を高速に実施することができるようになり,さらに疾病の発生の少ない地域の検出にも対応した。一方で,地理情報解析や空間疫学の研究者らとの議論を通して,連続量の空間データ解析を行う解析ソフトウェアの必要性が高まっていることも把握している。今後は連続量データの解析手法について検討・実装を行い,実データを用いた検証を行うことを予定している。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症の流行に伴い国際会議への参加が行えなかったこと、国内学会発表および研究打ち合わせにおいては共同研究者の負担により出張を行ったため支出する必要がなかったことから、次年度使用額が生じた。次年度に行う出張の旅費および論文掲載料、学会参加費として使用する予定である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 4 results) Presentation (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Effects of gene-lifestyle interactions on obesity based on a multi-locus risk score: A cross-sectional analysis2023

    • Author(s)
      Nakamura Sho、Fang Xuemin、Saito Yoshinobu、Narimatsu Hiroto、Ota Azusa et al.
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 18 Pages: e0279169

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0279169

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Coffee and metabolic phenotypes: A cross-sectional analysis of the Japan multi-institutional collaborative cohort (J-MICC) study2023

    • Author(s)
      Watanabe Takeshi、Arisawa Kokichi、Nguyen Tien Van、Ishizu Masashi、Katsuura-Kamano Sakurako et al.
    • Journal Title

      Nutrition, Metabolism and Cardiovascular Diseases

      Volume: 33 Pages: 620~630

    • DOI

      10.1016/j.numecd.2022.12.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Home-Based Frailty Prevention Program for Older Women Participants of Kayoi-No-Ba during the COVID-19 Pandemic: A Feasibility Study2022

    • Author(s)
      Watanabe Ryota、Kojima Masayo、Yasuoka Mikako、Kimura Chieko、Kamiji Koto、Otani Takahiro、Tsujimura Shoko、Fujita Hitomi、Nogimura Akane、Ozeki Sae、Osawa Aiko、Arai Hidenori
    • Journal Title

      International Journal of Environmental Research and Public Health

      Volume: 19 Pages: 6609

    • DOI

      10.3390/ijerph19116609

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Efficacy of Low-Dose Aspirin in Colorectal Cancer Risk Prevention is Dependent on ADH1B and ALDH2 Genotype in Japanese Familial Adenomatous Polyposis Patients2022

    • Author(s)
      Mure Kanae、Ishikawa Hideki、Mutoh Michihiro、Horinaka Mano、Otani Takahiro et al.
    • Journal Title

      Cancer Research Communications

      Volume: 2 Pages: 483~488

    • DOI

      10.1158/2767-9764.crc-22-0088

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chronic obstructive pulmonary disease and the mortality risk in male older adults: Role of socioeconomic factors2022

    • Author(s)
      Nogimura Akane、Noguchi Taiji、Otani Takahiro、Kamiji Koto、Yasuoka Mikako、Watanabe Ryota、Ojima Toshiyuki、Kondo Katsunori、Kojima Masayo
    • Journal Title

      Archives of Gerontology and Geriatrics

      Volume: 102 Pages: 104741

    • DOI

      10.1016/j.archger.2022.104741

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Associations between Work-Related Factors and Happiness among Working Older Adults: A Cross-Sectional Study2022

    • Author(s)
      Noguchi Taiji、Suzuki Sadao、Nishiyama Takeshi、Otani Takahiro、Nakagawa-Senda Hiroko、Watanabe Miki、Hosono Akihiro、Tamai Yuya、Yamada Tamaki
    • Journal Title

      Annals of Geriatric Medicine and Research

      Volume: 26 Pages: 256~263

    • DOI

      10.4235/agmr.22.0048

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Aspirin-Mediated Prevention of Colorectal Adenomas Recurrence is Affected by Blood Biochemistry and Nutritional Intake2022

    • Author(s)
      Yoshida Naohisa、Ishikawa Hideki、Otani Takahiro、Goto Chiho、Matsuda Takahisa、Takeuchi Yoji、Sano Yasushi、Itoh Yoshito、Suzuki Sadao、Mutoh Michihiro、on behalf of the J-CAPP Study group
    • Journal Title

      Cancer Prevention Research

      Volume: 15 Pages: 837~846

    • DOI

      10.1158/1940-6207.capr-22-0144

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sex- and age-specific all-cause mortality in insomnia with hypnotics: Findings from Japan multi-institutional Collaborative Cohort Study2022

    • Author(s)
      Sogawa Rintaro、Shimanoe Chisato、Tanaka Keitaro、Hara Megumi、Nishida Yuichiro et al.
    • Journal Title

      Sleep Medicine

      Volume: 100 Pages: 410~418

    • DOI

      10.1016/j.sleep.2022.09.020

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 化学物質流出・拡散を想定した迅速対応統合プラットフォームの開発2022

    • Author(s)
      大谷隆浩、高橋邦彦、菱田朝陽、若井建志、浅見真理
    • Organizer
      第81回日本公衆衛生学会総会
  • [Remarks] rflexscan: The Flexible Spatial Scan Statistic

    • URL

      https://cran.r-project.org/web/packages/rflexscan/index.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi