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2013 Fiscal Year Final Research Report

Thermodynamics of Multiple Molecular Recognition by Intrinsically Disordered Protein

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 23570193
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

DAIZO Hamada  神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 非常勤講師 (60372132)

Project Period (FY) 2011 – 2013
Keywords天然変性蛋白質 / 分子認識 / フォールディング / 構造転移 / 腸管出血性大腸菌 / 円二色性 / 蛍光偏光解消 / X線小角散乱
Research Abstract

Proteins produced in biological systems assume well-defined structures to obtain their unique functions. However, there are many intrinsically disordered proteins (IDPs) which are unable to form specific structures by themselves in genomic sequences. IDPs form well-ordered structures upon binding to their specific ligands.
Here, we analysed physicochemical mechanism of ligand binding by EspB, an IDP pathogens from enterohaemorrhagic E. coli. We found that EspB binds to alpha-catenin through the unstable alpha-helical regions formed around G41-E70 in a manner of "Conformational Selection".

  • Research Products

    (22 results)

All 2014 2013 2012 2011

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis ofα-catenin recognition by EspB from enterohaemorrhagic E. coli based on hybrid strategy using low-resolution structural and protein dissection2013

    • Author(s)
      Hamaguchi M, Kamikubo H, Suzuki KN, Hagihara Y, Yanagihara I, Sakata I, Kataoka M, Hamada D.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8(8) Pages: 71618

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0071618

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dissection of IZUMO1, a sperm protein essential for sperm-egg fusion2013

    • Author(s)
      Inoue N, Hamada D, Kamikubo H, Hirata K, Kataoka M, Yamamoto M, Ikawa M, Okabe M, Hagihara Y.
    • Journal Title

      Development

      Volume: 140 Pages: 3221-3229

    • DOI

      10.1242/dev.094854

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MIT domain of Vps4 is a Ca^<2+>-dependent phosphoinositide-binding domain2013

    • Author(s)
      Iwaya N, Takasu H, Goda N, Shirakawa M, Tanaka T, Hamada D, Hiroaki H.
    • Journal Title

      Journal of Biochemistry

      Volume: 153 Pages: 473-481

    • DOI

      10.1093/jb/mvt012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Binding of islet amyloid polypeptide to supported lipid bilayers and amyloid aggregation at the membranes2012

    • Author(s)
      Sasahara K, Morigaki K, Okazaki T, Hamada D.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Pages: 6908-6919

    • DOI

      10.1021/bi300542g

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of Ca^<2+> on the microtubule-severing enzyme p60-katanin. Insight into the substrate-dependent activation mechanism2012

    • Author(s)
      Iwaya N, Akiyama K, Goda N, Tenno T, Fujiwara Y, Hamada D, Ikura T, Shirakawa M, Hiroaki H.
    • Journal Title

      FEBS Journal

      Volume: 279 Pages: 1339-1352

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2012.08528.x

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 免疫グロブリン軽鎖可変ドメインの構造揺らぎと分子病態2014

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      第三回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム
    • Place of Presentation
      岐阜大学
    • Year and Date
      2014-03-18
  • [Presentation] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症の分子病態学-構造揺らぎの伝播と不安定化2014

    • Author(s)
      浜田大三.
    • Organizer
      立命館大学R-GIRO研究プログラム「蛋白質のフォールディングおよびフォールディング病発症機構の解明のための統合研究」セミナー
    • Place of Presentation
      立命館大学草津キャンパス
    • Year and Date
      2014-03-14
  • [Presentation] タンパク質構造決定~各手法の強み・留意点2014

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      文部科学省「地域イノベーション戦略支援プログラム」関西ライフイノベーション戦略プロジェクト「先進技術活用力養成講座(第一回)構造ベース創薬セミナー」
    • Place of Presentation
      計算科学振興財団
    • Year and Date
      2014-03-07
  • [Presentation] 免疫グロブリン関連アミロイドーシス発症における分子病態学2014

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      名古屋大学大学院創薬化学研究科(共催理学研究科附属構造生物学研究センター)創薬科学セミナー
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2014-01-30
  • [Presentation] Toward understanding the mechanism of cytotoxicity of amyloidogenic variable domain of immunoglobulin light chains2013

    • Author(s)
      Hamada D.
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場
    • Year and Date
      2013-10-30
  • [Presentation] 腸管出血性大腸菌による中毒発生のメカニズム‐構造生物学的・生化学的アプローチ‐2013

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      第35回日本中毒学会総会・学術集会(特別講演)
    • Place of Presentation
      大阪国際交流センター
    • Year and Date
      2013-06-12
  • [Presentation] Trp走査及びタンパク質切断による腸管出血性大腸菌因子EspBの標的結合部位の同定2013

    • Author(s)
      縄田万里奈, 上久保裕生, 片岡幹雄, 浜田大三
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館
    • Year and Date
      2013-06-12
  • [Presentation] 免疫グロブリン軽鎖のアミロイド線維形成とフォールディング中間状態の関係2013

    • Author(s)
      堤浩祟, 小林祐大, 浜田大三
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館
    • Year and Date
      2013-06-12
  • [Presentation] タイトジャンクション抑制分解因子LNX1の構造に基いた創薬2013

    • Author(s)
      中倉由香子, 天野剛志, 合田名都子, 秋吉由佳里, 鈴木守, 浜田大三, 古瀬幹夫, 廣明秀一
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館
    • Year and Date
      2013-06-12
  • [Presentation] Identification ofα-catenin binding site in promolten globule type intrinsically disordered protein, EspB from enteroharmorrhagic E. coli2012

    • Author(s)
      Nawata M, Kamikubo H, Kataoka M, Hamada D.
    • Organizer
      新学術領域研究揺らぎと生体機能第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都テルサ
    • Year and Date
      2012-12-05
  • [Presentation] 内分泌攪乱物質によるプロテインジスルフィドイソメラーゼの構造変化2012

    • Author(s)
      奥村正樹, 橋本翔子, 縄田万里奈, 油谷克英, 引間孝明, 浜田大三, 日高雄二, 伊藤廉, 志波公平, 今岡進, 山口宏
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2012-06-20
  • [Presentation] 微小管切断酵素p60-kataninに対するCa^<2+>の効果2012

    • Author(s)
      岩谷奈央子, 合田名都子, 天野剛志, 藤原芳江, 浜田大三, 伊倉貞吉, 白川昌宏, 廣明秀一
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場
    • Year and Date
      2012-06-20
  • [Presentation] Conformational properties of intrinsically less-ordered EspB effector from Enterohaemorrhagic Esherichia coli2012

    • Author(s)
      Hamada D, Hagihara Y, Kamikubo H, Kataoka M.
    • Organizer
      The 5th international symposium on "Molecular Science of Fluctuations tward Biological Functions"
    • Place of Presentation
      東大寺文化センター
    • Year and Date
      2012-01-08
  • [Presentation] 高次蛋白質複合体における分子内構造揺らぎの役割2011

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      難治性疾患・統合創薬プロジェクト第8回セミナー
    • Place of Presentation
      立命館大学草津キャンパス
    • Year and Date
      2011-11-28
    • Invited
  • [Presentation] 分子内ダイナミクスがもたらす、高次分子間相互作用の制御2011

    • Author(s)
      浜田大三
    • Organizer
      日本物理学会2011年秋季大会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] 細胞間接着の制御に関わるLNX1の構造・機能解析2011

    • Author(s)
      秋吉由佳里, 合田名都子, 成田宏隆, 鈴木守, 天野剛志, 浜田大三, 藤原芳江, 中川敦史, 古瀬幹夫, 廣明秀一
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      2011-06-09
  • [Book] Probing dynamic fibril-formation by an integrated microscopic approach (Current Microscopy Contributions to Advances in Science and Technology)2013

    • Author(s)
      Hamada D. 他
    • Total Pages
      668-677
    • Publisher
      Formatex

URL: 

Published: 2015-07-16  

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