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2012 Fiscal Year Annual Research Report

高速AFM/一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ATPaseの協同的構造変化

Research Project

Project/Area Number 24241048
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 准教授 (30326300)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 渡辺 洋平  甲南大学, 理工学部, 講師 (40411839)
飯野 亮太  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 講師 (70403003)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords一分子計測 / AAAタンパク質 / シャペロニン / 高速原子間力顕微鏡 / 蛍光顕微鏡
Research Abstract

本年度は、好熱菌由来のClpBの基板への特異的吸着法の検討を行った。ClpBのC末端に変異(K721C)を導入しBiotin-PEACn-Maleimideを付与した試料を準備した。一方、基板はアミノシラン処理したマイカをBiotin-OSUで修飾し、さらにストレプトアビジン分子をこていすることで、ClpBのN末端を上向きにして固定する方法を確立した。K721C変異体を高濃度ATP状態でインキュベーション後、高速AFM観察を行ったところ、ClpBの大多数が完全な六量体リングを形成していないことが分かった。また、リング構造が形成された場合でも、多くの場合6回対称の構造をとらず、非対称な構造をしていることが分かった。さらに、リング構造はダイナミックに揺らいでおり、リングの切断と再形成が時間とともに起こっていることを見出した。一方、ATPの加水分解能を低下させた変異体(Trap-ATP)では、対称なリング構造が形成されていることが分かった。これらのことから、ClpBはATP依存的にリング形成の安定性が変化していることが示唆された。
高速AFM/蛍光顕微鏡複合機の光学系の見直しを行った結果、一分子レベルで高速AFMと蛍光顕微鏡の同視野・同時観察ができるようになった。これを用いて実際に、ミオシンVの歩行運動やキチナーゼがキチン結晶上を連続的に移動様子を同時観察することに成功した。次年度には、このシステムを用いてF1-ATPseの構造変化と蛍光性ATPの結合過程の同時観察を進めていく。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初予定していたClpBの高速AFMによる高分解能観察法は確立した。また、予期していなかったClpBの非対称なオリゴマー構造やリング構造の不安性を見出した。また、高速原子間力顕微鏡/蛍光顕微鏡複合機による一分子観察もできるようになった。蛍光性ATPの結合と高速AFMによる構造変化の同時観察を成功させるまでにはいたらなかったが、計画全体としては順調に進展していると考える。

Strategy for Future Research Activity

ClpBの基板への固定方法や必要と思われる変異体はほぼ準備できた。高速AFMによる高分解能観察の条件も確立したので、今後は構造変化の観察に向けたヌクレオチドの濃度条件を検討し、高速AFM観察を継続していく。並行してClpBへの基質結合に向けた基盤準備を行う。
蛍光顕微鏡/高速AFM複合機による観察に関しては、まずは蛍光性ATPの結合とAFMによる構造変化の観察を成功させる。そのあとに、この手法により六量体ATPaseの構造変化とヌクレオチド結合の関係を明らかにしていく。

  • Research Products

    (18 results)

All 2013 2012

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 9 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] High-speed AFM and applications to biomolecular systems2013

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Journal Title

      Annual Review of Biophysics

      Volume: 42 Pages: in press

    • DOI

      10.1146/annurev-biophys-083012-130324

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of trimer-trimer interaction of bacteriorhodopsin studied by high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      Hayato Yamashita
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] リアルタイム原子間力顕微鏡の開発とたんぱく質の機能動態イメージング2013

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Journal Title

      光学

      Volume: 42 Pages: 89-94

  • [Journal Article] Visualization of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei moving on crystalline cellulose using high-speed atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      Kiyohiko Igarashi
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: 510 Pages: 169-182

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-415931-0.00009-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Guide to video recording of structure dynamics and dynamic processes of proteins by high-speed atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Journal Title

      Nature Protocols

      Volume: 7 Pages: 1193-1206

    • DOI

      0.1038/nprot.2012.047

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single molecule imaging on living bacterial cell surface by high-speed AFM2012

    • Author(s)
      Hayato Yamashita
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 422 Pages: 300-309

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2012.05.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 51 Pages: 08KA02

    • DOI

      10.1143/JJAP.51.08KA02

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の一分子ダイナミクス計測2013

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第90回日本生理学会大会 日本生物物理学会連携シンポジウ ”新しい計測で生命科学を切り拓く”
    • Place of Presentation
      船堀
    • Year and Date
      20130327-20130327
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる生体分子のダイナミクス解析2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      KEK PF 第1回先進的観測技術研究会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20121226-20121226
    • Invited
  • [Presentation] Combined High-Speed AFM and Optical Microscopy2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      20th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM20)
    • Place of Presentation
      Okinawa
    • Year and Date
      20121217-20121219
  • [Presentation] 高速AFMを用いた1分子ダイナミクス2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会, シンポジウム”少数性・生化学の新たな視点”
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121216-20121216
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによるバイオ分子の液中動的観察2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      生体分子機能解析のための走査型プローブ顕微鏡手法研究部会
    • Place of Presentation
      越後湯沢
    • Year and Date
      20121209-20121209
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡でイメージ ングするタンパク質の一分子ダイナミクス2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第12回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20121129-20121129
    • Invited
  • [Presentation] Image analysis of HS-AFM movies for dynamic events on biological molecules: F1-ATPase and cellulase2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop
    • Place of Presentation
      Kanazawa
    • Year and Date
      20121105-20121108
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy: A tool for nanobionnics2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      3rd Asia-Pacific Symposium on Nanobionics
    • Place of Presentation
      Wollongong, Australia
    • Year and Date
      20120919-20120921
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化するタンパク質の機能動態2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第52回生命科学夏の学校
    • Place of Presentation
      蒲郡
    • Year and Date
      20120825-20120826
    • Invited
  • [Presentation] HIGH-SPEED ATOMIC FORCE MICROSCOPY FOR OBSERVING DYNAMIC BIOMOLECULAR PROCESSES2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      XXI International Materials Research Congress
    • Place of Presentation
      Cancun, Mexico
    • Year and Date
      20120811-20120816
    • Invited
  • [Book] Single-molecule Studies of Proteins. Biophysics for the Life Sciences2013

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Total Pages
      269
    • Publisher
      Springer

URL: 

Published: 2014-07-24  

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