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2014 Fiscal Year Annual Research Report

高速AFM/一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ATPaseの協同的構造変化

Research Project

Project/Area Number 24241048
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 教授 (30326300)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 渡辺 洋平  甲南大学, 理工学部, 准教授 (40411839)
飯野 亮太  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (70403003)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywords分子シャペロン / 一分子イメージング / 走査型プローブ顕微鏡 / 高速原子間力顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

昨年度までで、ClpBの六量体リング構造は円対称から非対称な構造に遷移したり、リングの切断や再形成が起こるなど、ATPの加水分解によりダイナミックな構造変化を起こしていることを明らかにした。本年度は、リング構造の揺らぎと脱凝集活性の関係を明らかにするために、脱凝集活性が増強されたHyperactive変異体(Y494D)と脱凝集活性が抑制されたRepressed変異体(E432A)の観察を行った。Hyperactive変異体では、ほとんどのリングが切れたヒモ状構造で観察され、一方、Repressed変異体では多くが対称リング構造をとることがわかった。このことから、リングの非対称・対称遷移やリングの切断・再生など六量体リングの柔軟な構造変化が脱凝集活性に重要であることが示唆された。凝集基質がどのようにClpB六量体に取り込まれるかを調べるために、YFPとClpBを融合した試料を作製した。これにより、今後ClpBによる基質の脱凝集が実際にどのように起こっているか、直接観察することができると期待される。
回転モーターであるV1-ATPaseの回転軸(DFサブユニット)を取り除いたA3B3六量体リングの高速AFM観察を行った。ヌクレオチド非存在下でも六量体が非対称な構造をしており、結晶構造とよく一致した結果が得られた。さらに、ATPの加水分解によりOpen構造をとるAサブユニットの位置が反時計回りに順番に遷移していく様子が観察できた。この結果は、V1-ATPaseもF1-ATPaseと同様に、回転軸がなくてもATPの加水分解がリング内で協同的に起こっていることを示している。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 10 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Long-tip high-speed atomic force microscopy for nanometer-scale imaging in live cells2015

    • Author(s)
      M. Shibata, T. Uchihashi, T. Ando and R. Yasuda
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 5 Pages: 8724

    • DOI

      10.1038/srep0872

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Probing structural dynamics of an artificial protein cage using high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      M. Imamura, T. Uchihashi, T. Ando, A. Leifert, U. Simon, A. D. Malay and J. G. Heddle
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 15 Pages: 1331-1335

    • DOI

      10.1021/nl5045617

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two-way traffic of glycoside hydrolase family 18 processive chitinases on crystalline chitin2014

    • Author(s)
      K. Igarashi, T. Uchihashi, T. Uchiyama, H. Sugimoto, M. Wada, K. Suzuki, S. Sakuda, T. Ando, T. Watanabe, and M. Samejima
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 5 Pages: 2975

    • DOI

      0.1038/ncomms4975

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] キチナーゼによる結晶性キチンのプロセッシブ(連続的)な分解機構の解明2014

    • Author(s)
      杉本華幸, 五十嵐圭日子, 内橋貴之, 鈴木一史, 渡邉剛志
    • Journal Title

      日本応用糖質化学会誌

      Volume: 4 Pages: 107-112

  • [Journal Article] 高速原子間力顕微鏡による生体試料のダイナミクス観察2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Journal Title

      膜誌

      Volume: 39 Pages: 322-328

  • [Journal Article] 高速原子間力顕微鏡による生体分子のナノ動体撮影2014

    • Author(s)
      古寺哲幸, 内橋貴之, 安藤敏夫
    • Journal Title

      日本物理学会誌

      Volume: 69 Pages: 459-464

  • [Presentation] High-speed atomic force microscope for imaging of biomolecular dynamics at solid surface2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      10th Annual International Electromaterials Science Symposium
    • Place of Presentation
      Wollongong, Australia
    • Year and Date
      2015-02-11
    • Invited
  • [Presentation] Visualization of single molecule dynamics at work with high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 7th Biennial Australian Colloid & Interface Symposium
    • Place of Presentation
      Hobart, Tasmania, Australia
    • Year and Date
      2015-02-03
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質のダイナミクスと物性計測2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      NIBBバイオイメージングフォーラム「物理特性のイメージング」
    • Place of Presentation
      基礎生物学研究所, 愛知県
    • Year and Date
      2015-01-27
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡の開発とバイオ応用2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      新世代研究所水和ナノ構造・界面ナノ科学合同研究会「固液界面の水和ナノ構造と生体高分子ダイナミクス」
    • Place of Presentation
      伊豆長岡温泉 天坊, 静岡県
    • Year and Date
      2015-01-25
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscope for studying dynamic interactions in biomolecular system2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      合歓の郷,三重県
    • Year and Date
      2015-01-10
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule imaging of proteins at work with high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      16th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      長浜ロイヤルホテル, 滋賀県
    • Year and Date
      2014-10-05
    • Invited
  • [Presentation] Cooperative Conformational Change in Ring-Shaped ATPase Observed by High-Speed AFM2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会 Japan-China-Taiwan Joint Symposium on Cooperativity in Supramolecular Machine
    • Place of Presentation
      札幌国際会議場, 北海道
    • Year and Date
      2014-09-26
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy for imaging of protein dynamics2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Agilent Nanomeasure 2014
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      2014-09-16
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる生体試料のダイナミクス観察2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      日本膜学会第36回年会境界領域シンポジウム
    • Place of Presentation
      早稲田大学, 東京都
    • Year and Date
      2014-05-13
    • Invited
  • [Presentation] Visualization of single molecule dynamics at work with high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Single Protein Dynamics in Cellulo 2014: Spatio-Temporal, Structural and Quantitative Analyses
    • Place of Presentation
      沖縄科学技術大学院大学、沖縄県
    • Year and Date
      2014-04-23
    • Invited
  • [Book] “Development of high-speed AFM and its biological applications”, Chapter 8 in Atomic Force Microscopy in Nanobiology2014

    • Author(s)
      T. Uchihahsi, N. Kodera and T. Ando
    • Total Pages
      34
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing

URL: 

Published: 2016-06-01  

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