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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis of genetic mosaicism using X-inactivation visualization mouse resource and development of model mouse for X-linked genetic disease

Research Project

Project/Area Number 26250025
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

阿部 訓也  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, チームリーダー (40240915)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横田 秀夫  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究領域, チームリーダー (00261206)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2018-03-31
KeywordsX染色体不活性化 / エピジェネティクス / 遺伝的モザイク / X連鎖遺伝病モデル
Outline of Annual Research Achievements

哺乳類は、性染色体であるXとYの構成の違いによって雌雄が決定される。2つのX染色体を持つ雌ではXYである雄との遺伝子量補正のため、2本のX染色体のうち一方が不活性化される。この不活性化現象は、これまで、ES細胞の分化系などを使い、その分子機構解明の研究が精力的に行われてきたが、個体において実際に不活性化がいつ、どのようにして成立するのか、不活性化の組織・器官特異性や安定性、不活性化現象が生物個体の機能やヒト女性特有の病態にどのように影響するかについての研究は非常に少ない。本研究では、申請者が独自に開発した、X染色体不活性化を可視化するXvisマウス系統を用いて、1)不活性化・再活性化過程のイメージング解析、2)胎児期、成体の各臓器における不活性化偏在パターン(遺伝モザイシズム)のマッピング、3)女性特有のX連鎖遺伝病態モデルマウスの作製と解析などを通じて、X染色体不活性化現象の生体機能への関わりを包括的に解析することを目的とする。
2016年度は、胚体でのX染色体不活性化の状態を追跡するために、不活性化に重要な働きをする非翻訳性RNAであるXistとその逆鎖から転写されるTsix RNAの発現を、独自に開発したWhole-mount 3D RNA-FISH法を用いて解析し、刷り込み型不活性化の消去のタイミング、ランダム型不活性化の開始時期を初めて特定した。さらに、この不活性化の過程をin vitroで再現する効率の良い幹細胞分化系を開発し、この過程における遺伝子発現の変動、エピゲノム状態の変化について解析を行った。また、Xvisマウスの新しい系統の導入を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究全体は、概ね計画どおりに進展しており、3次元内部顕微鏡を用いた個体レベルの画像取得、画像処理、画像解析プログラムに関する検討を行った。また、概要に述べたように、胚体におけるX染色体不活性化状態の変化パターンの解析や、新しい幹細胞分化系を確立し、これを不活性化現象の解析に適用しシングルセルレベルの遺伝子発現解析などを行った。また、胚体組織などから細胞を採取し、シングルセルレベルの発現解析を行うための条件検討を行った。Xvisマウスの組織、器官を構成する細胞に対してシングルセル解析を行えば、遺伝的モザイシズムの細胞機能に対する影響を調べることが可能になると思われる。これらの知見を総合することにより、X染色体不活性化現象の包括的理解に結びつけることができると考える。

Strategy for Future Research Activity

3次元内部顕微鏡を用いた解析を引き続き行なう。エピジェネティック制御は加齢とともに異常が生じる可能性があるため、一年以上の老齢Xvisマウスにおける不活性化モザイクパターンに介する解析も行う。さらに、異なる遺伝子座にレポーター遺伝子が挿入された新規不活性化可視化マウス系統の解析も行い、得られた知見の再現性、普遍性の確認を行う。
上記のように、幹細胞分化系や、個体からの組織、器官を構成する細胞を単離し、シングルセルレベルの発現解析を行い、異なるバックグラウンドを持つX染色体が不活性化された場合、その細胞における遺伝子発現プロファイルにどのような影響が表れるかを追究する。
X連鎖遺伝病モデルに関しては、Rett症候群以外のモデル作製についても検討を続ける。

  • Research Products

    (17 results)

All 2017 2016

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Automated Detection and Tracking of Cell Clusters in Time-Lapse Fluorescence Microscopy Images.2017

    • Author(s)
      Yuan-Hsiang Chang, Hideo Yokota, Kuniya Abe, Chia-Tong Tang, Ming-Dar Tsai
    • Journal Title

      Journal of Medical and Biological Engineering

      Volume: 2 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1007/s40846-016-0216-y

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Conserved role of Ovo in germline development in mouse and Drosophila.2017

    • Author(s)
      Hayashi, M., Shinozuka, Y., Shigenobu, S., Sato, M., Sugimoto, M., Ito, S., Abe, K., Kobayashi, S.
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 6 Pages: 40056-40056

    • DOI

      10.1038/srep40056.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] CRISPR/Cas9-mediated genome editing in wild-derived mice: generation of tamed wild-derived strains by mutation of the a (nonagouti) gene.2017

    • Author(s)
      Hirose, M., Hasegawa, A., Mochida, K., Matoba, S., Hatanaka, Y., Inoue, K., Goto, T., Kaneda, H., Yamada, I., Furuse, T., Abe, K.
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 7 Pages: 42476-42476

    • DOI

      10.1038/srep42476.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide DNA methylation sequencing revealed that miR-663a is a novel epimutation candidate in CIMP- high endometrial cancer.2017

    • Author(s)
      Megumi Yanokura, Kouji Banno, Masataka Adachi, Daisuke Aoki, Kuniya Abe
    • Journal Title

      International Journal of Oncology

      Volume: - Pages: in print

    • DOI

      10.3892/ijo.2017.3966.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A simplified and efficient protocol for derivation and maintenance of high-quality mouse primed pluripotent stem cells using Wnt inhibition.2017

    • Author(s)
      Kondo M, Sugimoto M, Abe K
    • Journal Title

      Current Protocol Protocols in Stem Cell Biology

      Volume: - Pages: in print

    • DOI

      -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cellular Dynamics of Mouse Trophoblast Stem Cells: Identification of a Persistent Stem Cell Type.2016

    • Author(s)
      Motomura K, Oikawa M, Hirose M, Honda A, Togayachi S, Miyoshi H, Ohinata Y, Sugimoto M, Abe K, Inoue K, Ogura A.
    • Journal Title

      Biol Reprod.

      Volume: 94 Pages: 122

    • DOI

      10.1095/biolreprod.115.137125. Epub 2016 Apr 27.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Detection and Localization of Mouse Induced Pluripotent Stem Cell Formation using Time-Lapse Fluorescence Microscopy Images.2016

    • Author(s)
      Yuan-Hsiang Chang, Hideo Yokota, Kuniya Abe, Jung Hsien Liu, Ming-Dar Tsai
    • Journal Title

      Accepted as a contributed paper for the 38th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1109/EMBC.2016.7591583

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Fluorescence Microscopy Image Processing and Visualization for Analyzing Cell Kinematics, Proliferation and Attachment in Mouse Embryonic Stem Cell Culture.2016

    • Author(s)
      Yuan-Hsiang Chang, Hideo Yokota, Kuniya Abe, Chih-Cheng Li, Ming-Dar Tsai
    • Journal Title

      Accepted as a contributed paper for 2016 IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1109/BIBE.2016.44

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Xist/Tsix expression dynamics during mouse peri-implantation development revealed by whole-mout 3D RNA-FISH2016

    • Author(s)
      Hirosuke Shiura and Kunia Abe
    • Organizer
      X-Chromosome inactivation: a tribute to Mary Lyon
    • Place of Presentation
      London and Oxford, UK
    • Year and Date
      2016-10-03 – 2016-10-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Robust induction of primed pluripotency in mammals: Wnt inhibition is critical for derivation and maintenance of mouse epiblast stem cells.2016

    • Author(s)
      Kuniya Abe
    • Organizer
      Tsukuba Global Science Week 2016
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2016-09-19 – 2016-09-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Germline Stem (GS)細胞における複数遺伝子の高効率機能解析技術の開発2016

    • Author(s)
      鈴木伸之介、阿部訓也
    • Organizer
      第109回日本繁殖生物学会大会
    • Place of Presentation
      麻布大学
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-13
  • [Presentation] Comprehensive study on naive-to-primed stem cell conversion process by integration of single-cell transcriptomics and epigenomic analysis2016

    • Author(s)
      Hiroki Ura, Michael Bottcher, Shinnosuke Suzuki, Piero Carninci, Kuniya Abe
    • Organizer
      QBiC Symposium 2016 「Decording Organisms by Quantitative Cell Profiling」
    • Place of Presentation
      理化学研究所生命システム研究センター
    • Year and Date
      2016-09-06 – 2016-09-06
  • [Presentation] Visualization tools for epigenomics2016

    • Author(s)
      阿部訓也
    • Organizer
      The 5th BRC-MARC Mouse Resource Workshop
    • Place of Presentation
      理化学研究所バイオリソースセンター
    • Year and Date
      2016-07-25 – 2016-07-25
  • [Presentation] Studies on mouse peri-implantation development using developmental mutant and stem cells.2016

    • Author(s)
      阿部訓也
    • Organizer
      熊本大学リエゾンラボ研究会/HIGOプログラム最先端研究セミナー
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      2016-07-20 – 2016-07-20
    • Invited
  • [Presentation] Robust induction of primed pluripotency in mammals: Wnt inhibition is critical for derivation and maintenance of mouse epiblast stem cells.2016

    • Author(s)
      Abe K, Kondo M, Sugimoto M
    • Organizer
      INASCON (International Scientific Conference) 2016
    • Place of Presentation
      Universiti Sains Malaysia, Health Campus
    • Year and Date
      2016-05-16 – 2016-05-16
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 遺伝単 遺伝学用語集 対訳付き 日本遺伝学会監修・編「生物の科学 遺伝」別冊2017

    • Author(s)
      阿部 訓也
    • Total Pages
      印刷中
    • Publisher
      NTS社
  • [Patent(Industrial Property Rights)] METHOD AND APPARATUS FOR DETECTING CELL REPROGRAMMING2017

    • Inventor(s)
      張 元翔, 横田 秀夫, 阿部 訓也, 蔡 明達
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人理化学研究所, 中原大學
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2017-026477
    • Filing Date
      2017-02-15
    • Overseas

URL: 

Published: 2018-01-16  

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