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2014 Fiscal Year Annual Research Report

糖質酵素が示す糖転移反応を支配する新規な構造因子の分子機構の究明と応用

Research Project

Project/Area Number 26292049
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

木村 淳夫  北海道大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (90186312)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 奥山 正幸  北海道大学, (連合)農学研究科(研究院), 講師 (00344490)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords糖質酵素 / 糖転移反応 / 構造因子
Outline of Annual Research Achievements

糖質酵素が示すオリゴ糖の合成反応を支配・向上できる新現象(以下の4項目)を見出した。本研究の目的は、これらの現象を解析し、糖転移反応の分子機構を知り、応用研究に結びつけることにある。研究は順調に進行している。
1. α-1,3-グルコシド転移酵素:本酵素遺伝子の異種宿主発現に成功した。精製組換え酵素を用いた結晶化条件を現在検討中である。一方、本酵素の触媒残基は類縁酵素の構造情報から実験的に決定した。
2. 触媒残基の変異酵素:α-グルコシダーゼ(AGと略)の酸塩基触媒残基の置換酵素が転移効率を増加させたので、変異酵素を調製した(アミド型アミノ酸への置換(変異体A)および水酸基を有する小さな残基への置換(変異体B))。両置換体の加水分解活性は大きく低下した。 転移反応に最適な供与体はフッ素基質であり、これを有機合成した。本供与体を用いて転移反応を調べた結果、初速度は変異体Aが高く、長時間反応による転移糖生成は変異体Bが大きいことが判明した。今後は、変異体Bを用いて解析を行い本現象の機構を究明する。
3. 触媒水の供給機構:AGの触媒水の供給孔を構築する2つのアミノ酸(塩基性と疎水性の残基)の変異で細孔の遮断を目的とした。まず、前者の変異酵素を作製し、触媒能力(加水分解力や転移能)の変化を観察した。触媒水供給の低下・停止による触媒能力変化に起因すると考えられたので、立体構造解析による細孔遮断を確認中である。
4. 多糖合成酵素のC末端削除体:多糖合成酵素のC末端領域の削除体に長鎖オリゴの合成増加と多糖合成の低下が認められたので、本機能を支配する構造因子の決定を目的とした。C末端から約400残基を徐々に削除した幾つかの変異酵素を作製した。それぞれの長鎖オリゴ糖や多糖の合成活性を測定し、構造因子が存在する領域の推定に成功した。次年度以降は、当該領域にある構造因子の決定作業を行う。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

初年度ではあるが、4項目の各課題が順調に進められた。特に、触媒残基の変異酵素における転移機能の究明、触媒水供給孔の変異による触媒能力の変化、多糖合成酵素の生成物特異性に関わる領域の推定、などは当初計画を上回る優れた成果と判断される。

Strategy for Future Research Activity

研究計画に変更はない。すなわち、平成26年度(初年度)において立案した計画に従って研究を進め、4酵素が示すユニークな転移機能の分子機構を解析する。

  • Research Products

    (11 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Biochemical properties and substrate recognition mechanism of GH31 α-glucosidase from Bacillus sp. AHU 2001 with broad substrate specificity2015

    • Author(s)
      Wataru Saburi, Masayuki Okuyama, Yuya Kumagai, Atsuo Kimura, Haruhide Mori
    • Journal Title

      Biochimie

      Volume: 108C Pages: 140-148

    • DOI

      DOI:10.1016/j.biochi.2014.11.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural insights into catalytic reaction involving reorientation of Trp238 at substrate binding site in GH13 dextran glucosidase2015

    • Author(s)
      Momoko Kobayashi, Wataru Saburi, Daichi Nakatsuka, Hironori Hondoh, Koji Kato, Masayuki Okuyama, Haruhide Mori, Atsuo Kimura, Min Yao
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 589 Pages: 484-489

    • DOI

      DOI:10.1016/j.febslet.2015.01.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Complete Conversion of specificity of a glycoside hydrolase family 13 exo-glucosidase for glucosidic linkage through rational mutations2015

    • Author(s)
      Wataru Saburi, Hiroaki Rachi-Otsuka, Hironori Hondoh, Masayuki Okuyama, Haruhide Mori, Atsuo Kimura
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 589 Pages: 865-869

    • DOI

      doi:10.1016/j.febslet.2015.02.023

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Different molecular complexity of linear isomaltomegalosaccharides and β-cyclodextrin for enhancing a solubility of azo ethyl red: towards the dye biodegradation2014

    • Author(s)
      Weeranuch Lang, Yuya Kumagai, Juri Sadahiro, Janjira Maneesan, Masayuki Okuyama, Hirude Mori, Nobuo Sakairi, Atsuo Kimura
    • Journal Title

      Bioresource Technology

      Volume: 169 Pages: 518-524

    • DOI

      DOI:10.1016/j.biortech.2014.07.025

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identity of the two dextran dextrinases produced by Gluconobacter oxydans ATCC 11894 and its localization change depending on the cell growth2014

    • Author(s)
      Juri Sadahiro, Haruhide Mori, Wataru Saburi, Masayuki Okuyama, Atsuo Kimura
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 456 Pages: 500-505

    • DOI

      doi:10.1016/j.bbrc.2014.11.115

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Molecular mechanism of novel megalosaccharide-producing enzyme and its application2014

    • Author(s)
      Yuya Kumagai, Juri Sadahiro, Weeranuch Lang, Masayuki Okuyama, Haruhide Mori, Satoshi Ishizuka, Hiroshi Hara, Young-Min Kim, Doman Kim, Atsuo Kimura
    • Organizer
      The 13th China-Japan-Korea Joint Symposium on Enzyme Engineering
    • Place of Presentation
      Jeju (Korea)
    • Year and Date
      2014-11-16 – 2014-11-20
  • [Presentation] Dextran dextrinase の Phe602 の生成物特異性に関する影響2014

    • Author(s)
      坂谷敦, 熊谷祐也, 貞廣樹里, Lang Weeranuch, 奥山正幸, 森春英, 木村淳夫
    • Organizer
      日本応用糖質科学会平成26 年度大会(第63 回)
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ 新潟コンベンションセンター(新潟県・新潟市)
    • Year and Date
      2014-09-24 – 2014-09-26
  • [Presentation] Amphiphilic function of linear-isomaltomegalosaccharides (L-IMS) on ethyl red (ER) solubility2014

    • Author(s)
      Weeranuch Lang, Yuya Kumagai, Juri Sadahiro, Masayuki Okuyama, Haruhide Mori, Nobuo Sakairi, Atsuo Kimura
    • Organizer
      日本応用糖質科学会平成26 年度大会(第63 回)
    • Place of Presentation
      朱鷺メッセ 新潟コンベンションセンター(新潟県・新潟市)
    • Year and Date
      2014-09-24 – 2014-09-26
  • [Presentation] Molecular anatomy of novel megalosaccharide-producing enzymes2014

    • Author(s)
      Yuya Kumagai, Juri Sadahiro, Weeranuch Lang, Young-Min Kim, Michiyo Kanegae, Masayuki Okuyama, Haruhide Mori, Kazumi Funane, Zui Fujimoto, Satoshi Ishizuka, Hiroshi Hara, Doman Kim, Atsuo Kimura
    • Organizer
      2014 International Symposium on Biodiversity Conservation for Food Security and Rural Development
    • Place of Presentation
      Kunming (China)
    • Year and Date
      2014-07-13 – 2014-07-19
    • Invited
  • [Book] Application of Microbiology and Biochemistry. in "Frontiers of Agricultural Science"2015

    • Author(s)
      Atsuo Kimura, Masayuki Okuyama
    • Total Pages
      277 (161-168)
    • Publisher
      Shoukadoh Book Sellers
  • [Remarks] 分子酵素学研究室

    • URL

      http://www.agr.hokudai.ac.jp/rfoa/abs/abs2-3.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

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