KAKEN — 研究課題をさがす | 研究者番号: 30132723

1. 蛋白質化学・計算科学・高度分岐的複素環合成技術を基盤とする実践的創薬研究

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	創薬化学
研究機関	京都大学
研究代表者	藤井信孝京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授
研究期間 (年度)	2011-04-01 – 2015-03-31完了
キーワード	CXCR4 / CXCR7 / ケモカイン / CK2 / キナーゼ / KSP / キネシン / 複素環 / CXCR4ケモカイン受容体 / CXCR7ケモカイン受容体 / ホモロジーモデル / プロテインキナーゼCK2 / スフィンゴシンキナーゼ / jaspine B / FC131 / キネシンモータータンパク / 分子設計 / ドラッグライク / ケモカイン受容体 / 複素環骨格構築反応
研究成果の概要	ケモカイン受容体CXCR4拮抗剤について、ペプチドミメティクスを利用した構造活性相関研究を行い、受容体との相互作用に必要な構造要素を明らかにした。また、ケモカイン受容体CXCR7に対する2種類のリガンド探索手法を駆使して、環状ペプチド構造及び複素環構造を有する新規リガンドを見出した。効率的な複数の含 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (33件うち査読あり 33件、謝辞記載あり 11件、オープンアクセス 1件) 学会発表 (65件うち招待講演 3件) 図書 (1件) 備考 (3件) 産業財産権 (7件うち外国 4件)

2. 分子シミュレーションによる高活性リガンド探索法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	創薬化学
研究機関	近畿大学
研究代表者	仲西功近畿大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2010 – 2012完了
キーワード	生物活性物質 / 計算化学 / 熱力学積分法 / 水和エネルギー / 結合自由エネルギー / CK2 / 自由エネルギー摂動法
研究概要	Free energy perturbation (FEP)法・Thermodynamic integration (TI)法を用い、既知リガンドの極微小な構造変化による高活性リガンドを探索する手法の検討を行なった。種々の条件検討を行ないながら本法をタンパク質-リガンド複合体系に適用した結果、Pro ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (18件うち査読あり 18件) 学会発表 (19件)

3. 生体高分子のためのマルチレベル統合フラグメント分子軌道法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	物理化学
研究機関	京都大学
研究代表者	北浦和夫京都大学, 薬学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2008 – 2010完了
キーワード	生体高分子 / 電子状態計算法 / フラグメント分子軌道法 / 量子・古典融合法 / 溶媒の連続誘電体モデル / 電子状態計算 / FMO法 / 分子シミュレーション
研究概要	フラグメント分子軌道(FMO)法と有効フラグメントポテンシャル(EFP)法や古典力場(MM)との融合法、さらに溶媒の連続誘電体モデル(PCM)とを融合したマルチレベル統合FMO 法を開発した。この方法により、水溶液中のタンパク質やタンパク質-リガンド複合体の高速な計算が可能になり、生体高分子のシミュ ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (9件うち査読あり 9件) 学会発表 (5件) 図書 (3件) 備考 (1件)

4. SBDDにおける薬物候補分子の活性(蛋白質結合親和力)予測法の開発

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	創薬化学
研究機関	近畿大学 (2008) 京都大学 (2006-2007)
研究代表者	仲西功近畿大学, 薬学部, 教授
研究期間 (年度)	2006 – 2008完了
キーワード	医薬分子設計 / フラグメント分子軌道法 / 結合エネルギー / 溶媒和エネルギー / 構造最適化 / FKBP / HIV-1プロテアーゼ / タンパク質 / SBDD / 溶媒和カネルギー / HIV-1
研究概要	フラグメント分子軌道(FMO)法による相互作用エネルギーを用いた薬物活性予測法の開発を行った。水和エネルギーにPCM法用いたFMO/PCM法は、パラメータを用いないab initioな活性(結合自由エネルギー)予測法にもかかわらず、実験値のオーダーの再現性には非常に優れていた。今後、分子運動やエント ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (32件うち査読あり 26件) 学会発表 (23件)

5. 電子状態理論と統計理論の融合による柔らかい分子系の理論化学

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	物理化学
研究機関	京都大学
研究代表者	榊茂好京都大学, 工学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2004完了
キーワード	電子状態理論 / 統計理論 / 化学反応理論 / 溶媒和理論 / 柔軟分子系 / 密度汎関数理論 / ポストハートリーフォック法 / 分子動力学計算
研究概要	電子状態理論、化学統計理論の現状を調査し、さらに、それらを融合し、新しい方法論を進展させるための検討を行った。(1)高精度電子状態理論の現状と展望:密度汎関数理論の限界が明らかになっており、再びpost Hartree-Fock法に注目が集まっている。統計理論と組み合わせるには、どのような高精度電子 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (6件) 図書 (1件)

6. 非経験的フラグメント分子軌道法による蛋白質の構造最適化計算のルーチン化

研究課題

研究種目	基盤研究(B)
研究分野	物理化学
研究機関	独立行政法人産業技術総合研究所
研究代表者	北浦和夫独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 上席研究員
研究期間 (年度)	2004 – 2006完了
キーワード	FMO法 / 蛋白質の電子状態計算 / フラグメント分子軌道法 / 蛋白質の構造計算 / 非経験的分子軌道法
研究概要	アミノ酸配列から蛋白質の立体構造を非経験的に予測することは未だ成功していないが、ホモロジーモデリングや3D-1D法など、構造既知の蛋白質との類似性にもとついて、新規アミノ酸配列を持つ蛋白質の構造予測をする方法が発展しつつある。本研究は、これらのモデリング構造や解像度の低い実験構造など、何らかの形で蛋 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (31件) 図書 (1件)

7. 全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	物理化学
研究機関	独立行政法人産業技術総合研究所
研究代表者	北浦和夫独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 総括研究員
研究期間 (年度)	2002 – 2003完了
キーワード	タンパク質の量子化学計算 / チャネルタンパク質 / フラグメント分子軌道法 / カリウムイオンの透過 / 大規模電子状態計算 / 大規模系の電子状態計算 / カリウムイオンの透過機構
研究概要	本研究課題では、K^+漏洩チャネルタンパク質(約6,000原子)のフラグメント分子軌道(FMO)法による全電子量子化学計算を行い、タンパク質とイオンの相互作用とチャネル内でのイオン間相互作用を求め、チャネルタンパク質によるイオン選択とイオン透過機構を電子状態レベルで明らかにすることを目的とする。H1 ...

この課題の研究成果物	雑誌論文 (7件) 文献書誌 (5件)

8. リゾチーム-基質複合体のab initio MO計算と分子認識機構の解析

研究課題

研究種目	基盤研究(C)
研究分野	物理化学
研究機関	大阪府立大学
研究代表者	北浦和夫大阪府立大, 総合科学部, 教授
研究期間 (年度)	2000 – 2001完了
キーワード	リゾチーム / ab initio MO法 / フラグメントMO法 / 分子間相互作用 / 分子認識
研究概要	本研究は、リゾチーム(アミノ酸残基数129)とグリコペプチド複合体の電子状態計算を行い、タンパク質と基質間の相互作用を解析することにより、分子認識機構に関して電子状態レベルの知見を得ることを目的とする。このよな巨大な系のab initio MO計算を行うことは現在のところ非常に困難であるが、我々が開 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (1件)

9. 量子論的ポテンシャル関数を用いた結晶構造計算

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪府立大学
研究代表者	北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授
研究期間 (年度)	1996完了
キーワード	ペアポテンシャル / 多体ポテンシャル / 有機結晶の構造計算 / 分子性結晶の構造計算 / パッキング構造 / ab initio MO
研究概要	最近、我々は分子間ポテンシャルとしてab initioペアポテンシャルを提案した。このポテンシャルは、ab initio MO法でポテンシャルを計算する方法であり、従来よく用いられたきた経験的ポテンシャル関数とは異なり、任意性のあるパラメータを一切含まない。さらに、分子ペアのハミルトニアンにまわりの ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (3件)

10. 分子集合体の化学反応理論

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	お茶の水女子大学
研究代表者	細矢治夫お茶の水女子大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1996完了
キーワード	固体表面吸着反応 / 密度汎関数法 / 金属クラスター / 水クラスター / 分子動力学 / 高分子成長反応 / グラファイト / 生体関連分子 / 固体触媒 / 遷移金属クラスター / モンテカルロシミュレーション / 非周期性高分子
研究概要	1)金属表面の構造と触媒活性機構解明の精密分子軌道計算。酸化ケイ素に担持された酸化チタン触媒への酸素分子の吸着について密度汎関数法を用いて調べた。中心チタン原子の酸素配位構造と電荷が吸着の性を分配することが示された。(小林)Cu_n(n=1,2,5,13,76)という、銅クラスターの電子状態を、甲木 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (163件)

11. 有機分子の分子間相互作用と結晶構造の理論的研究

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪府立大学
研究代表者	北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授
研究期間 (年度)	1995完了
キーワード	結晶構造の計算予測 / 分子間ポテンシャル / 多体ポテンシャル / ab initio MO / ペア-近似
研究概要	分子性結晶の構造を計算化学的方法により予測するためには、信頼性の高い分子間ポテンシャル関数を作成することが一つの鍵になる。我々は従来から量子論効果を考慮した分子間ポテンシャル関数を提案し、いくつかの分子系に適用してその有効性を示してきた。しかし、従来からよく用いられているポテンシャル関数と同様に、我 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (3件)

12. π-電子系機能物質の基礎研究と新展開

研究課題

研究種目	総合研究(B)
研究分野	有機工業化学
研究機関	大阪市立大学
研究代表者	西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1994完了
キーワード	π-電子系機能物質 / Chemical Softness / 電子スペクトル / 分子軌道法 / 高精度分子設計 / 複合機能新規分子
研究概要	本総合研究(B)は,多彩で多様な機能発見をするπ-電子系有機化合物を基礎的観点から見直し,これまでにない機能を発現する新規な分子骨格の提案に結実させる準備・調査として位置づけられる.本研究では,この目的を達成するため,理論化学者・合成化学者・物性物理学者からなる15名の研究組織を作成し,平成6年度中 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (60件)

13. 分子動力学法による有機分子結晶の構造・物性・反応の解析方法の研究

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪府立大学
研究代表者	北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授
研究期間 (年度)	1994完了
キーワード	結晶構造計算 / ポテンシャル関数 / ベンゼンの結晶
研究概要	分子動力学法で有機分子の結晶構造を計算するためには、複雑な分子間相互作用を精度よく表現するポテンシャル関数が必要である。この目的のためには、レナード・ジョーンズ型ポテンシャル関数のような、従来からよく用いられている関数では限界があるため、我々は量子論効果を近似的に考慮した精度の高い新しいポテンシャル ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (1件)

14. 有機結晶環境下での反応解析

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪大学
研究代表者	甲斐泰大阪大学, 工学部, 教授
研究期間 (年度)	1994 – 1996完了
キーワード	有機結晶 / 固相反応 / 結晶構造 / 相転移 / 迅速X線構造解析 / 時間分割構造解析 / 動的構造 / 結晶工学 / 特殊条件下での構造解析 / 光照射下での固相反応 / 試料低温装置 / 分子配列 / 2次元結晶 / フォトクロミズム / 高温相の構造 / 動的構造解析 / 動的反応解析 / 結晶構造予測
研究概要	有機結晶中で進行する化学反応を解析することを目標として、X線結晶構造解析、熱解析、理論計算、結晶化など、物理化学的な研究手法を用いた構造化学的研究を進めてきた。特に、結晶相の反応過程における動的構造変化を解析することを目的として、時間分割構造解析、特殊条件下構造解析等を行うとともに、反応の解析に適し ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (48件)

15. 分子レベルの情報にもとづく物性計算法の新しい展開

研究課題

研究種目	総合研究(A)
研究分野	化学工学一般
研究機関	倉敷芸術科学大学 (1995) 京都大学 (1993-1994)
研究代表者	中西浩一郎倉敷芸術科学大学, 産業科学技術学部, 教授
研究期間 (年度)	1993 – 1995完了
キーワード	物性計算法 / 分子シミュレーション / 分子間相互作用 / 拡散係数
研究概要	本研究は化学工学を中心として必要不可欠な,材料の物性の計算方法を分子レベルの情報を取り入れて再構成するための基礎研究であるが、今年度の目標も前2年と同様、 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (39件)

16. 電子構造設計と反応制御の分子理論とその応用に関する研究

研究課題

研究種目	総合研究(A)
研究分野	構造化学
研究機関	京都大学
研究代表者	藤本博京都大学, 工学部, 教授
研究期間 (年度)	1990 – 1992完了
キーワード	化学反応理論 / 分子軌道法 / ポテンシャル面 / 遷移状態構造 / 反応動力学 / 溶媒効果 / 遷移金属化合物 / 高分子 / 非経験的分子軌道法 / 素反応過程 / 触媒作用 / 電子構造論 / 軌道相互作用 / 遷移金属錯体 / ファンデルワ-ルス錯体 / イオンチャネル / 電子構造理論 / 反応設計 / 反応の遷移状態 / 軌道相互作用理論 / 遷移金属錯体触媒 / 励起分子の電子構造 / 化学反応性理論
研究概要	本研究では、電子構造の設計と反応制御の理論の構築をめざして4つの主要な課題について研究を行い、多くの新しい知見を得た。研究実績の概要は以下の通りである。 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (30件)

17. 分子性固体の反応場のシミュレ-ションのための新しいポテンシャル関数の研究

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪市立大学
研究代表者	西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1989完了
キーワード	新しいポテンシャル関数 / 分子性固体の結品構造 / シミュレ-ション / bond-bond相互作用 / エチレン / ベンゼン
研究概要	計算機によるシミュレ-ションは固体や液体の構造と性質を研究する上で非常に有力な方法になりつつある。しかし、いまのところ、分子間ポテンシャル関数を作製するのが難かしく、H_2OやNH_3のような小さい分子系の固体や液体に応用されているにすぎない。これは大きくて複雑な分子の分子間相互作用を表現する適切な ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (7件)

18. 分子性固体の反応場のシミュレーションのための新しいポテンシャル関数の研究

研究課題

研究種目	重点領域研究
研究機関	大阪市立大学
研究代表者	西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1988完了
キーワード	分子間ポテンシャル / 結合-結合相互作用 / ポテンシャル係数 / 分子性固体 / シミュレーション / 分子間相互作用
研究概要	先に提案した分子の結合局在化分子軌道間の重なり積分を用いて分子間ポテンシャルを表すポテンシャル関数を発展させて、大きな分子のポテンシャル関数を作る方法を研究した。

この課題の研究成果物	文献書誌 (4件)

19. プロトン移動反応の機構とダイナミクスの計算機実験

研究課題

研究種目	一般研究(B)
研究分野	物理化学一般
研究機関	大阪市立大学
研究代表者	西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授
研究期間 (年度)	1987 – 1988完了
キーワード	水素結合 / プロトン移動 / 溶媒効果 / リアクションフィールドモデル / タンパク残基の影響 / 互変異性化反応 / 反応機構 / シミュレーション / 電子状態理論
研究概要	DNAやタンパク質内の水素結合は、その物性や機能に対し重要な役割をになっている。本研究では、これを解明するための基礎研究として、水素結合系のプロトン移動の機構と、溶媒との相互作用やタンパク残基の静電相互作用などの外部からの摂動がプロトン移動に及ぼす影響について理論的研究を行った。

この課題の研究成果物	文献書誌 (12件)

20. 電子状態理論による複核錯体の還元的脱離反応の反応機構の研究

研究課題

研究種目	一般研究(C)
研究分野	構造化学
研究機関	大阪市立大学
研究代表者	北浦和夫阪市大, 理学部, 助手
研究期間 (年度)	1986完了
キーワード	非経験的MO法 / 酸化数 / 非結合性d電子 / 錯体の還元脱離反応 / 錯体の酸化的付加反応
研究概要	錯体の環元脱離反応(又は逆反応である酸化的付加反応)はC-HやC-C結合の生成(切断)の触媒反応の重要な素反応であり、その反応機構の理論的研究は触媒設計のための基礎的知見を得る上で興味が持たれる。特に複核錯体ではいくつかの反応経路が考えられ、それぞれの経路を特徴づける電子的要因を明らかにすることが本 ...

この課題の研究成果物	文献書誌 (6件)

研究期間 (開始年度)

1. 蛋白質化学・計算科学・高度分岐的複素環合成技術を基盤とする実践的創薬研究 研究課題

藤井 信孝 京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授

2. 分子シミュレーションによる高活性リガンド探索法の開発 研究課題

仲西 功 近畿大学, 薬学部, 教授

3. 生体高分子のためのマルチレベル統合フラグメント分子軌道法の開発 研究課題

北浦 和夫 京都大学, 薬学研究科, 教授

4. SBDDにおける薬物候補分子の活性(蛋白質結合親和力)予測法の開発 研究課題

仲西 功 近畿大学, 薬学部, 教授

5. 電子状態理論と統計理論の融合による柔らかい分子系の理論化学 研究課題

榊 茂好 京都大学, 工学研究科, 教授

6. 非経験的フラグメント分子軌道法による蛋白質の構造最適化計算のルーチン化 研究課題

北浦 和夫 独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 上席研究員

7. 全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究 研究課題

北浦 和夫 独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 総括研究員

8. リゾチーム-基質複合体のab initio MO計算と分子認識機構の解析 研究課題

北浦 和夫 大阪府立大, 総合科学部, 教授

9. 量子論的ポテンシャル関数を用いた結晶構造計算 研究課題

北浦 和夫 大阪府立大学, 総合科学部, 教授

10. 分子集合体の化学反応理論 研究課題

細矢 治夫 お茶の水女子大学, 理学部, 教授

11. 有機分子の分子間相互作用と結晶構造の理論的研究 研究課題

北浦 和夫 大阪府立大学, 総合科学部, 教授

12. π-電子系機能物質の基礎研究と新展開 研究課題

西本 吉助 大阪市立大学, 理学部, 教授

13. 分子動力学法による有機分子結晶の構造・物性・反応の解析方法の研究 研究課題

北浦 和夫 大阪府立大学, 総合科学部, 教授

14. 有機結晶環境下での反応解析 研究課題

甲斐 泰 大阪大学, 工学部, 教授

15. 分子レベルの情報にもとづく物性計算法の新しい展開 研究課題

中西 浩一郎 倉敷芸術科学大学, 産業科学技術学部, 教授

16. 電子構造設計と反応制御の分子理論とその応用に関する研究 研究課題

藤本 博 京都大学, 工学部, 教授

17. 分子性固体の反応場のシミュレ-ションのための新しいポテンシャル関数の研究 研究課題

西本 吉助 大阪市立大学, 理学部, 教授

18. 分子性固体の反応場のシミュレーションのための新しいポテンシャル関数の研究 研究課題

西本 吉助 大阪市立大学, 理学部, 教授

19. プロトン移動反応の機構とダイナミクスの計算機実験 研究課題

西本 吉助 大阪市立大学, 理学部, 教授

20. 電子状態理論による複核錯体の還元的脱離反応の反応機構の研究 研究課題

北浦 和夫 阪市大, 理学部, 助手

1. 蛋白質化学・計算科学・高度分岐的複素環合成技術を基盤とする実践的創薬研究

研究課題

藤井信孝京都大学, 薬学研究科(研究院), 教授

2. 分子シミュレーションによる高活性リガンド探索法の開発

研究課題

仲西功近畿大学, 薬学部, 教授

3. 生体高分子のためのマルチレベル統合フラグメント分子軌道法の開発

研究課題

北浦和夫京都大学, 薬学研究科, 教授

4. SBDDにおける薬物候補分子の活性(蛋白質結合親和力)予測法の開発

研究課題

仲西功近畿大学, 薬学部, 教授

5. 電子状態理論と統計理論の融合による柔らかい分子系の理論化学

研究課題

榊茂好京都大学, 工学研究科, 教授

6. 非経験的フラグメント分子軌道法による蛋白質の構造最適化計算のルーチン化

研究課題

北浦和夫独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 上席研究員

7. 全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究

研究課題

北浦和夫独立行政法人産業技術総合研究所, 計算科学研究部門, 総括研究員

8. リゾチーム-基質複合体のab initio MO計算と分子認識機構の解析

研究課題

北浦和夫大阪府立大, 総合科学部, 教授

9. 量子論的ポテンシャル関数を用いた結晶構造計算

研究課題

北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授

10. 分子集合体の化学反応理論

研究課題

細矢治夫お茶の水女子大学, 理学部, 教授

11. 有機分子の分子間相互作用と結晶構造の理論的研究

研究課題

北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授

12. π-電子系機能物質の基礎研究と新展開

研究課題

西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授

13. 分子動力学法による有機分子結晶の構造・物性・反応の解析方法の研究

研究課題

北浦和夫大阪府立大学, 総合科学部, 教授

14. 有機結晶環境下での反応解析

研究課題

甲斐泰大阪大学, 工学部, 教授

15. 分子レベルの情報にもとづく物性計算法の新しい展開

研究課題

中西浩一郎倉敷芸術科学大学, 産業科学技術学部, 教授

16. 電子構造設計と反応制御の分子理論とその応用に関する研究

研究課題

藤本博京都大学, 工学部, 教授

17. 分子性固体の反応場のシミュレ-ションのための新しいポテンシャル関数の研究

研究課題

西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授

18. 分子性固体の反応場のシミュレーションのための新しいポテンシャル関数の研究

研究課題

西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授

19. プロトン移動反応の機構とダイナミクスの計算機実験

研究課題

西本吉助大阪市立大学, 理学部, 教授

20. 電子状態理論による複核錯体の還元的脱離反応の反応機構の研究

研究課題

北浦和夫阪市大, 理学部, 助手