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Elucidation of retrovirus-derived imprinted genes functioning in placenta formation

Research Project

Project/Area Number 19H00978
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

Ishino Fumitoshi  東京医科歯科大学, 統合研究機構, 非常勤講師 (60159754)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 志浦 寛相  山梨大学, 大学院総合研究部, 助教 (10451907)
石野 知子 (金児知子)  東海大学, 医学部, 教授 (20221757)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥46,020,000 (Direct Cost: ¥35,400,000、Indirect Cost: ¥10,620,000)
Fiscal Year 2021: ¥12,350,000 (Direct Cost: ¥9,500,000、Indirect Cost: ¥2,850,000)
Fiscal Year 2020: ¥12,350,000 (Direct Cost: ¥9,500,000、Indirect Cost: ¥2,850,000)
Fiscal Year 2019: ¥21,320,000 (Direct Cost: ¥16,400,000、Indirect Cost: ¥4,920,000)
Keywords胎盤 / 哺乳類進化 / 脳機能 / レトロウイルス / 獲得遺伝子 / 母子免疫寛容 / 自然免疫 / 胚体外組織 / ゲノムインプリンティング / 哺乳類特異的獲得遺伝子 / LTRレトロトランスポゾン / 胎盤形成 / 哺乳類特異的遺伝子 / 筋肉発生 / 哺乳類の進化 / 胎盤機能 / 哺乳類個体発生
Outline of Research at the Start

哺乳類が胎生という生殖機構へ、LTRレトロトランスポゾン由来の獲得遺伝子であるPeg10, Peg11/Rtl1をどのように使うことで適応したのか、進化における遺伝子獲得の意義を明らかにする。具体的には、Peg10, Peg11/Rtl1およびSirh遺伝子群の胎盤や胎児における機能明らかにすることにより、獲得遺伝子が胎生という生殖機構への適応にどのように関与したかを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Systematic analyses have been carried out concerning mammalian-specific acquired genes from a retrovirus, such as Peg10, Peg11/Rtl1, Sirh3/Rtl6, Sirh8/Rtl5 and Sirh4-6/Rtl8a-c. All these results demonstrate that the concept of mammalian-specific acquired genes is quite useful to elucidate mammalian specific features by genetic approaches. For example, 1) in addition to the essential role in placenta formation, Peg10 is suggested to be involved in feto-maternal immunotolerance during fetal development. 2) Peg11/Rtl1 contributes to muscle development in fetal and neonatal stages as well as brain functions, indicating that PEG11/RTL1 is a major gene responsible both Temple and Kagami-Ogata syndromes. 3) Sirh3/Rtl6 and Sirh8/Rtl5 play important roles in innate immune system in the brain as microglia genes. 4) Sirh5, 6/Rtl8a,b play important roles in the brain and are related to certain human neurological diseases.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

哺乳類にのみ存在するレトロウイルス由来の獲得遺伝子が、胎盤形成だけでなく、脳機能の高度化や自然免疫、母子免疫寛容、いくつものヒト疾患に関係することを明らかにした。これにより「獲得遺伝子」という概念が、哺乳類の特徴を解明するのに有効であることを証明し、ヒトの理解に「ウイルス由来の霊長類・ヒト特異的獲得遺伝子」の解析の必要性を示した、ネオゲノミクス科学分野の先駆けとなるものである。進化学における新しい概念を提唱したものであり、学術上の貢献が非常に高い。
ヒト、哺乳類の進化は一般人の関心が高い分野だが、これらの成果はNHKの科学番組や関連書籍として取り上げられ、広く社会一般にも知識が還元されている。

Report

(5 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (50 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 11 results) Presentation (33 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 18 results) Remarks (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] The Evolutionary Advantage in Mammals of the Complementary Monoallelic Expression Mechanism of Genomic Imprinting and Its Emergence From a Defense Against the Insertion Into the Host Genome2022

    • Author(s)
      Kaneko-Ishino Tomoko、Ishino Fumitoshi
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 13

    • DOI

      10.3389/fgene.2022.832983

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PEG10 viral aspartic protease domain is essential for the maintenance of fetal capillary structure in the mouse placenta2021

    • Author(s)
      Hirosuke Shiura, Ryuichi Ono, Saori Tachibana, Takashi Kohda, Tomoko Kaneko-Ishino and Fumitoshi Ishino
    • Journal Title

      Development

      Volume: 148 Issue: 19 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1242/dev.199564

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  • [Journal Article] AKT signaling is associated with epigenetic reprogramming via the upregulation of TET and its cofactor, alpha-ketoglutarate during iPSC generation2021

    • Author(s)
      Sekita Y, Sugiura Y, Matsumoto A, Kawasaki Y, Akasaka K, Konno R, Shimizu M, Ito T, Sugiyama E, Yamazaki T, Kanai E, Nakamura T, Suematsu M, Ishino F, Kodera Y, Kohda T, Kimura T.
    • Journal Title

      Stem Cell Res Ther.

      Volume: - Issue: 1 Pages: 510-510

    • DOI

      10.1186/s13287-021-02578-1

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Retrovirus-derived acquired genes, RTL5 and RTL6, are novel constituents of the innate immune system in the eutherian brain.2021

    • Author(s)
      Irie M, Ithoh J. Matsuzawa A, Ikawa M, Suzuki Y, Hiraoka Y, Ishino F and Kaneko-Isihno T.
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 2021 Pages: 2021-2021

    • DOI

      10.1101/2021.12.29.474483

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  • [Journal Article] Immunoglobulin A-specific deficiency induces spontaneous inflammation specifically in the ileum2021

    • Author(s)
      Nagaishi Takashi、Watabe Taro、Kotake Kunihiko、Kumazawa Toshihiko、Aida Tomomi、et al.
    • Journal Title

      Gut

      Volume: 71 Issue: 3 Pages: 487-496

    • DOI

      10.1136/gutjnl-2020-322873

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  • [Journal Article] The role of eutherian-specific RTL1 in the nervous system and its implications for the Kagami- Ogata and Temple syndromes.2021

    • Author(s)
      Kitazawa M, Sutani A, Kaneko-Ishino T, Ishino F
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 26 Issue: 3 Pages: 165-179

    • DOI

      10.1111/gtc.12830

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      Watabe T, Kotake K, Kumazawa T, Aida T, Tanaka K, Ono R, Ishino F, Usami T, Miura T, Kawasaki H, Tsugawa N, Yamada D, Hirayama K, Yoshikawa S, Karasuyama H, Watanabe M, Blumberg R S, Nagaishi T, Adachi T
    • Journal Title

      Gut

      Volume: in press

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    • Author(s)
      Matsuzawa A, Lee J, Nakagawa S, Itoh J, Ueda M, Mitsuhashi S, Kochi Y, Kaneko-Ishino T, Ishino F
    • Journal Title

      Int J Med Sci

      Volume: 22 Issue: 9 Pages: 4504-4504

    • DOI

      10.3390/ijms22094504

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  • [Journal Article] Deficiency and overexpression of Rtl1 in the mouse cause distinct muscle abnormalities related to the Temple and Kagami-Ogata syndromes.2020

    • Author(s)
      Kitazawa M, Hayashi S, Imamura H, Takeda S, Oishi Y, Kaneko-Ishino T, Ishino F
    • Journal Title

      Development

      Volume: 147 Issue: 21 Pages: 147-147

    • DOI

      10.1242/dev.185918

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  • [Journal Article] In vitro generation of functional murine heart organoids via FGF4 and extracellular matrix2020

    • Author(s)
      Lee Jiyoung、Sutani Akito、Kaneko Rin、Takeuchi Jun、Sasano Tetsuo、Kohda Takashi、Ihara Kensuke、Takahashi Kentaro、Yamazoe Masahiro、Morio Tomohiro、Furukawa Tetsushi、Ishino Fumitoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 4283-4283

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18031-5

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    • Author(s)
      石野史敏、金児ー石野知子
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 273 Pages: 936-942

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  • [Journal Article] Evolution of viviparity in mammals: what genomic imprinting tells us about mammalian placental evolution2019

    • Author(s)
      Tomoko Kaneko-Ishino and Fumitoshi Ishino
    • Journal Title

      Reproduction, Fertility and Development

      Volume: in press Issue: 7 Pages: 1219-1227

    • DOI

      10.1071/rd18127

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  • [Journal Article] Cooperation and Competition in Mammalian Evolution -Gene Domestication from LTR Retrotransposons2019

    • Author(s)
      Kaneko-Ishino T and Ishino F
    • Journal Title

      Evolution, Origin of Life, Concepts and Methods

      Volume: - Pages: 317-333

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  • [Presentation] LTRレトロトランスポゾン由来の哺乳類特異的遺伝子Sirh3/Rtl6の脳における機能2021

    • Author(s)
      金児ー石野知子
    • Organizer
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  • [Presentation] ネオゲノミクス:ヒトオルガノイドを用いたレロウイルス由来の霊長類・ヒト特異的獲得遺伝子の解析2021

    • Author(s)
      石野史敏
    • Organizer
      第20回日本再生医療学会総会招待講演
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    • Author(s)
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    • Author(s)
      Fumitoshi Ishino
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      Fumitoshi Ishino
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      石野史敏、李知英
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      石野史敏
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      石野史敏
    • Organizer
      京都大学生態学研究センターセミナー
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      石野史敏、李知英、古川哲史
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      東京医科歯科大学創生医学コンソーシアム研究発表会
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  • [Presentation] マウスES細胞を用いた機能的な心臓オルガノイドの作製2020

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      李知英、酢谷明人、金子凛、笹野哲郎、井原雄介、幸田尚、竹内純、古川哲史、石野史敏
    • Organizer
      日本分子生物学会年会(MBSJ 2020)
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  • [Presentation] ヒトゲノムで機能を獲得したHERV由来配列の探索2020

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      松沢歩、李知英、高地雄太、中川草、石野(金児)知子、石野史敏
    • Organizer
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      金児ー石野知子、入江将仁、伊東丈夫、石野史敏
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      藤岡慶史、石井雅之、志浦寛相、小野竜一、金児ー石野知子、石野史敏
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      北澤萌恵、林晋一郎、今村道博、武田伸一、大石由美子、金児ー石野知子、石野史敏
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      藤井万由子、大我政敏、若山照彦、金児ー石野知子、石野史敏、幸田尚、志浦寛相
    • Organizer
      日本分子生物学会年会(MBSJ 2020)
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      石野史敏
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  • [Presentation] 哺乳類特異的ゲノム機能はどのように獲得されたか?2020

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      Ishino F and Kaneko-Ishino T
    • Organizer
      The 3rd Korea-Japan International Symposium for transposable elements
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  • [Presentation] 心臓発生を模倣するマウス心臓オルガノイド作製2019

    • Author(s)
      李 知英、酢谷明人、金子 凜、笹野哲郎、幸田 尚、古川哲史、石野史敏
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会
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  • [Presentation] ゲノムインプリンティングの先に見えるもの2019

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      石野史敏
    • Organizer
      東京医科歯科大学医学部小児科マンデーセミナー
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    • Author(s)
      石野史敏、李知英
    • Organizer
      東京大学薬学部寄付講座セミナー
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  • [Presentation] In vitro generation of structural and functional heart organoids from mouse embryonic stem cells.2019

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      Jiyoung Lee, Akito Sutani, Rin Kaneko, Jun Takeuchi, Tetsuo Sasano, Takashi Kohda, Tetsushi Furukawa, Fumitoshi Ishino.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting "Stem Cell Biology"
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  • [Presentation] ゲノムインプリンティングの生物学的意味と疾患の発症メカニズム2019

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      石野史敏
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      第44回 東日本小児科学会
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      石野史敏、北澤萌恵、金児―石野知子
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      李 知英、酢谷明人、金子 凜、笹野哲郎、幸田 尚、古川哲史、石野史敏
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      石野史敏、李知英
    • Industrial Property Rights Holder
      東京医科歯科大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2019
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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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