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Studies of chitin degradation mechanism of Paenibacillus sp.

Research Project

Project/Area Number 19K06340
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 41050:Environmental agriculture-related
Research InstitutionFukui Prefectural University

Principal Investigator

Itoh Takafumi  福井県立大学, 生物資源学部, 教授 (10402827)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Keywordsalginate / alginate lyase / chitin / chitin binding protein / glucanase / Paenibacillus / chitobiose-binding / histidine kinase sensor / two-component system / sugar binding protein / Chitin / beta-glucosidase / キチン / Paenibacillus属細菌 / 糖質輸送タンパク質 / 糖質関連酵素 / 機能性オリゴ糖
Outline of Research at the Start

キチンは自然界に豊富に存在し、多様な機能性が認められている。しかし、キチンは非常に難分解性であるため、利用は限定的である。これまで、土壌よりキチン分解に優れたPaenibacillus 属細菌を見出してきた。本研究では、細菌による多糖分解を制御することを目指して、(1) キチンオリゴ糖の細胞内への取り込みに関与するタンパク質の機能を解析するとともに、(2) それらのタンパク質の発現を制御する機構を解析する。また、(3) オリゴ糖を高純度に生産する酵素の反応特異性の解析も行う。そして、これらの研究を基盤として、キチンのみならず未利用資源となっている多糖の利用拡大に資する。

Outline of Final Research Achievements

The following results were obtained in this study.(1) Analysis of chitin oligosaccharide degrading enzyme: P. FPU-7 degrades chitin oligosaccharides to monosaccharides by GlcNAcase NagZ in the cytosol.(2) Analysis of alginate lyase: The alginate lyase of P. FPU-7 was characterized and the enzymatic products of alginate promoted the elongation of rice and spinach roots.(3) Analysis of chitin oligosaccharide-binding proteins: The chitin oligosaccharides recognition mechanisms of two chitin oligosaccharide-binding proteins (NagB1 and NagB2) were determined.(4) Analysis of two-component regulatory protein: Analysis of the interaction between the two-component regulatory protein NagS and chitin oligosaccharides suggested that NagS recognizes to chitin oligosaccharides through NagB1.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

土壌細菌Paeibacillus sp. str. FPU-7は、カニ殻由来の固体状のキチンをも強力に分解する。P. FPU-7のキチン分解を制御し、有用なキチンオリゴ糖を効率的に生産するためには、分解されたキチンがどのように取り込まれ、どのように利用されているのかも明らかにする必要がある。今回、P. FPU-7が細胞表層でどのようにキチンを認識しているのかについて、その一端を明らかにした。また、取り込んだオリゴ糖を分解する酵素やアルギン酸分解酵素についてもその諸性質と立体構造を決定した。これらの成果は、より効率的で環境負荷の少ない酵素による多糖分解法の確立に繋がることが期待される。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Structural characterization of two solute-binding proteins for N,N′-diacetylchitobiose/N,N′,N′′-triacetylchitotoriose of the gram-positive bacterium, Paenibacillus sp. str. FPU-72021

    • Author(s)
      Itoh Takafumi、Yaguchi Misaki、Nakaichi Akari、Yoda Moe、Hibi Takao、Kimoto Hisashi
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology: X

      Volume: 5 Pages: 100049-100049

    • DOI

      10.1016/j.yjsbx.2021.100049

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structures and functions of carbohydrate-active enzymes of chitinolytic bacteria Paenibacillus sp. str. FPU-72021

    • Author(s)
      Itoh Takafumi
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: In press Issue: 6 Pages: 1314-1323

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab058

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and functional characterization of a glycoside hydrolase family 3 β-N-acetylglucosaminidase from Paenibacillus sp. str. FPU-72019

    • Author(s)
      Itoh Takafumi、Araki Tomomitsu、Nishiyama Tomohiro、Hibi Takao、Kimoto Hisashi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 166 Issue: 6 Pages: 503-515

    • DOI

      10.1093/jb/mvz072

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and biochemical characterisation of a novel alginate lyase from Paenibacillus sp. str. FPU-72019

    • Author(s)
      Itoh Takafumi、Nakagawa Emi、Yoda Moe、Nakaichi Akari、Hibi Takao、Kimoto Hisashi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 14870-14870

    • DOI

      10.1038/s41598-019-51006-1

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Paenibacillus sp. str. FPU-7由来アルギン酸リアーゼの立体構造2020

    • Author(s)
      伊藤 貴文、中川 えみ、要田 萌、仲市 あかり、日ビ 隆雄、木元 久
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 糖質関連酵素の反応機構に関する構造生物学的研究2019

    • Author(s)
      伊藤 貴文
    • Organizer
      北陸支部第37回大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Paenibacillus 属細菌由来アルギン酸リアーゼの反応機構と反応産物の植物に対する効果2019

    • Author(s)
      中川 えみ、伊藤 貴文、三浦 孝太郎、日ビ 隆雄、木元 久
    • Organizer
      第12回 北陸合同バイオシンポジウム
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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