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動原体配列の違いが染色体構造の進化に及ぼす影響

Publicly Offered Research

Project AreaSystematic study of chromosome adaptation
Project/Area Number 23125513
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

河邊 昭  京都産業大学, 総合生命科学部, 准教授 (10582405)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥11,180,000 (Direct Cost: ¥8,600,000、Indirect Cost: ¥2,580,000)
Fiscal Year 2012: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2011: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Keywords動原体 / ハクサンハタザオ / 反復配列 / Arabidopsis / 進化
Outline of Annual Research Achievements

ハクサンハタザオとその近縁種は動原体特異的反復配列を3種類持っている。それらは変種や地域集団で染色体特異性が異なっていることが分かっていた。今回それらの動原体構成の異なる個体の交配をおこない、同じ染色体が異なる動原体反復配列を持っているF1の作出をおこなった。F1は異なる交配の組み合わせの物が複数得られ、それぞれ異なる染色体において動原体の構成が異なっていることが期待される。動原体の違いを区別するために染色体ごとに動原体を識別するための遺伝マーカーの作出をおこなった。動原体領域は組み換えが低いことから遺伝的変異が少ないことが知られている。マーカーの作出のために塩基配列を複数の系統で決定したので変異量の推定をおこなったところ、今回使用した系統においても染色体によってはほとんど変異が見られなかった。このことは一部の染色体では組み換えの低さが変異量を決定する要因になっている可能性を示唆する。一部の変異量の低さにもかかわらず、最終的にはほとんどの染色体が区別できるマーカーを作出することができた。
F1と親個体もしくは別の個体との交配をおこない、染色体の伝達率の違いを調査している。調査個体数はいまだ少ないものの、一部の染色体において伝達率の差が観察された。今後、この伝達率の差と動原体構成の違いの関係、伝達率の差の元になる現象を明らかにすることで動原体領域の進化の機構を探ることができるかもしれない。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2013 2012 2011

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Evolution of the ONSEN retrotransposon family activated upon heat stress in Brassicaceae.2013

    • Author(s)
      Hidetaka Ito
    • Journal Title

      Gene

      Volume: 518 Issue: 2 Pages: 256-261

    • DOI

      10.1016/j.gene.2013.01.034

    • NAID

      120005208894

    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Centromere-targeted de novo integrations of an LTR retrotransposon in Arabidopsis lyrata2012

    • Author(s)
      Tsukahara, et al
    • Journal Title

      Genes & Development

      Volume: 26 Issue: 7 Pages: 705-713

    • DOI

      10.1101/gad.183871.111

    • Related Report
      2012 Annual Research Report 2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 動原体特異性を持つ転移因子COPIA93/20ファミリーのアブラナ科植物での存在様式2012

    • Author(s)
      河邊昭
    • Organizer
      日本遺伝学会第84回大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-09-26
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 葉緑体ゲノム断片の核移行パターン2012

    • Author(s)
      降旗初佳
    • Organizer
      日本遺伝学会第84回大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-09-24
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノムインプリンティングがtypeI MADS遺伝子の分子進化に及ぼす影響2011

    • Author(s)
      吉田貴徳, 河邊昭
    • Organizer
      第83回日本遺伝学会大会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都)
    • Year and Date
      2011-09-22
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] A.lyrataにおけるLTRレトロトランスポゾンのセントロメア特異的分布の形成機構2011

    • Author(s)
      塚原小百合, 他
    • Organizer
      第83回日本遺伝学会大会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都)
    • Year and Date
      2011-09-20
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Centromere preferential localization of COPIA93/20 retrotransposon in Arabidopsis and related species2011

    • Author(s)
      A.Kawabe, et al
    • Organizer
      SMBE 2011
    • Place of Presentation
      京都大学(京都)
    • Year and Date
      2011-07-27
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Centromere-specific integration of Copia-type LTR retrotransposon in A.lyrata2011

    • Author(s)
      S.Tsukahara, et al
    • Organizer
      XVIII international botanical congress (IBC2011)
    • Place of Presentation
      The Melbourne Convention & Exhibition Centre(メルボルン、オーストラリア)
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-04-06   Modified: 2018-03-28  

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