多細胞生物起源の研究

• 研究課題/領域番号: 17018019
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 岩部 直之 京都大学, 大学院・理学研究科, 助教 (80263060)
• 研究分担者: 藤 博幸 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (70192656) ; 隈 啓一 国立情報学研究所, 戦略研究プロジェクト創成センター, 教授 (10221938)
• 連携研究者: 加藤 和貴 九州大学, デジタルメディシンイニシアティブ, 准教授 (70378868) ; 岡田 雅人 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (10177058) ; 宮田 隆 JT, 生命誌研究館, 顧問 (20022692)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 72,700千円 (直接経費: 72,700千円); 2009年度: 13,000千円 (直接経費: 13,000千円); 2008年度: 13,000千円 (直接経費: 13,000千円); 2007年度: 15,000千円 (直接経費: 15,000千円); 2006年度: 15,100千円 (直接経費: 15,100千円); 2005年度: 16,600千円 (直接経費: 16,600千円)
• キーワード: 分子進化 / 多細胞化 / 立襟鞭毛虫 / ゲノム / 分子系統樹 / 生物多様性 / シグナル伝達系 / データベース

研究概要

立襟鞭毛虫は動物に最も近縁な単細胞生物であり、進化における動物の多細胞化を理解する上で重要な生物である。本研究では、立襟鞭毛虫の一種Monosigaovataのゲノム計画を進め、他の生物との遺伝子比較等を網羅的に行った。その結果、細胞間情報伝達に関与する遺伝子については動物と立襟鞭毛虫との間での共通性が高いこと、遺伝子発現調節に関与する遺伝子には動物特異的なものが多いことが明らかになった。

研究成果

• [雑誌論文] Functional transition of Pak proto-oncogene during early evolution of metazoans. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watari, A., Iwabe, N., Masuda, H., Okada, M.
  • 雑誌名: Oncogene (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] KF-1 Ubiquitin Ligase: An Anxiety Suppressor. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto-Gotoh, T., Iwabe, N., Tsujimura, A., Takao, K., Miyakawa, T.
  • 雑誌名: Front Neurosci. 3(1) ページ: 15-24
  • 査読あり
• [雑誌論文] KF-1 Ubiquitin Ligase : An Anxiety Suppressor. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto-Gotoh, T., et al.
  • 雑誌名: Front. Neurosci. 3 ページ: 15-24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sponge cytogenetics - mitotic chromosomes of ten species of freshwater sponge. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishijima, J., Iwabe, N., Masuda, Y., Watanabe, Y., Matsuda, Y.
  • 雑誌名: Zoolog. Sci. 25(5) ページ: 480-486
  • NAID: 120002056262
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ancient divergence of animal protein tyrosine kinase genes demonstrated by a gene family tree including choanoflagellate genes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suga, H., Sasaki, G., Kuma, K., Nishiyori, H., Hirose, N., Su, Z.H., Iwabe, N., Miyata, T.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 582(5) ページ: 815-818
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. (2008)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Toh, H.
  • 雑誌名: Briefings in Bioinformatics 9(4) ページ: 286-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved accuracy of multiple ncRNA alignment by incorporating structural information into a MAFFT-based framework. (2008)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Toh, H.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9,212
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved accuracy of multiple ncRNA alignment by-incorporating structural information into a MAFFT-based framework (2008)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K. and Toh, H
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 9 ページ: 212-212
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program (2008)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K. and Toh, H.
  • 雑誌名: Briefings in Bioinformatics 9 ページ: 286-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ancient divergence of animal protein tyrosine kinase genes demonstrated by a gene family tree including choanoflagellate genes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suga H., et. al.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 582 ページ: 815-818
  • 査読あり
• [雑誌論文] PartTree: an algorithm to build an approximate tree from a large number of unaligned sequences. (2007)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Toh, H.
  • 雑誌名: Bioinformatics 23 ページ: 372-374
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of the gene families forming the Pax/Six regulatory network: isolation of genes from primitive animals and molecular phylogenetic analyses. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hoshiyama, D., Iwabe, N., Miyata, T.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 581(8) ページ: 1639-1643
  • 査読あり
• [雑誌論文] PartTree : an algorithm to build an approximate tree from a large number of unaligned sequences. (2007)
  • 著者名/発表者名: Katoh K., et al.
  • 雑誌名: Bioinformatics 23 (3) ページ: 372-374
• [雑誌論文] Identification of rDNA-specific non-LTR retrotransposons in Cnidaria. (2006)
  • 著者名/発表者名: Kojima, K.K., Kuma, K., Toh, H., Fujiwara, H.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 23(10) ページ: 1984-1993
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional development of Src tyrosine kinases during evolution from a unicellular ancestor to multicellular animals. (2006)
  • 著者名/発表者名: Segawa, Y., Suga, H., Iwabe, N., Oneyama, C., Akagi, T., Miyata, T., Okada, M.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103(32) ページ: 12021-12026
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional development of Src tyrosine kinases during evolution from a unicellular ancestor to multicellular animals. (2006)
  • 著者名/発表者名: Segawa Y., et al.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 103 (32) ページ: 12021-12026
• [雑誌論文] Identification of rDNA-specific non-LTR retrotransposons in Cnidaria. (2006)
  • 著者名/発表者名: Kojima K.K., et al.
  • 雑誌名: Mol.Biol.Evol. 23 (10) ページ: 1984-1993
• [雑誌論文] Improvement in the accuracy of multiple sequence alignment program MAFFT. (2005)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Kuma, K., Miyata, T., Toh, H.
  • 雑誌名: Genome Inform. Ser. Workshop Genome Inform. 16(1) ページ: 22-33
  • NAID: 130003997390
  • 査読あり
• [雑誌論文] MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment. (2005)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33(2) ページ: 511-518
  • 査読あり
• [雑誌論文] MAFFT version 5 : improvement in accuracy of multiple sequence alignment. (2005)
  • 著者名/発表者名: Katoh K. et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33(2) ページ: 511-518
• [雑誌論文] Improvement in the accuracy of multiple sequence alignment program MAFFT. (2005)
  • 著者名/発表者名: Katoh K. et al.
  • 雑誌名: Genome Imform.Ser.Workshop Genome Inform. 16(1) ページ: 22-33
  • NAID: 130003997390
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノム計画:I. ゲノム概観 (2009)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一、岩部直之、加藤和貴、藤博幸、廣瀬希、佐々木剛、菅裕、宮田隆、鈴木穣、笠原雅弘、新井理、大石加寿子、鹿児島浩、豊田敦、黒木陽子、菅野純夫、森下真一、小原雄治、藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 信州大学理学部(松本市)(一般講演(口頭発表:3B-12))
  • 年月日: 2009-09-18
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノム計画:II. 動物初期進化における遺伝子の多様化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之、隈啓一、加藤和貴、藤博幸、廣瀬希、佐々木剛、村田友輔、菅裕、宮田隆、鈴木穣、笠原雅弘、新井理、大石加寿子、鹿児島浩、豊田敦、黒木陽子、菅野純夫、森下真一、小原雄治、藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 信州大学理学部(松本市)(一般講演(口頭発表:3B-13))
  • 年月日: 2009-09-18
• [学会発表] 立襟鞭毛虫ゲノム計画:II.動物初期進化における遺伝子の多様化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 他
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 信州大学理学部(松本市)
  • 年月日: 2009-09-18
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト:I. ゲノムの概観 (2008)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一、岩部直之、加藤和貴、藤博幸、廣瀬希、佐々木剛、菅裕、宮田隆、鈴木穣、笠原雅弘、新井理、大石加寿子、鹿児島浩、豊田敦、黒木陽子、菅野純夫、森下真一、小原雄治、藤山秋佐夫
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(神戸市)(一般講演(ポスター発表:1P-0692))
  • 年月日: 2008-12-09
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト:II. 動物初期進化における遺伝子の多様化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之、隈啓一、加藤和貴、藤博幸、廣瀬希、佐々木剛、菅裕、宮田隆、鈴木穣、笠原雅弘、新井理、大石加寿子、鹿児島浩、豊田敦、黒木陽子、菅野純夫、森下真一、小原雄治、藤山秋佐夫
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(神戸市)(一般講演(ポスター発表:1P-0693))
  • 年月日: 2008-12-09
• [学会発表] 立襟鞭毛Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I.ゲノムの概観 (2008)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会.合同大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-09
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II.動物の初期進化における遺伝子多様化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-09
• [学会発表] Genome sequencing project of a unicellular choanoflagellate, Monosiga ovata: Extensive molecular phylogenetic analysis with choanoflagellate genes reveals divergence patterns of gene family members in the early evolution of metazoans. (2008)
  • 著者名/発表者名: Iwabe, N., Kuma, K., Katoh, K., Suga, H., Hirose, N., Toh, H., Miyata, T., Suzuki, Y., Kasahara, M., Narita, T., Shin-i, T., Kuroki, Y., Toyoda, A., Sugano, S., Morishita, S., Kohara, Y., Fujiyama, A.
  • 学会等名: XX International Congress of Genetics
  • 発表場所: Berlin, Germany(一般講演(ポスター発表:P121/18/B))
• [学会発表] Genome sequencing project of a unicellular choanoflagellate, Monosiga ovata : Extensive molecular phylogenetic analysis with choanoflagellate gehes reveals divergence patterns of gene family members in the early evolution of metazoans (2008)
  • 著者名/発表者名: Iwabe, N., et.al.
  • 学会等名: XX International Congress of Genetics
  • 発表場所: ICC Berlin(ドイツ)
• [学会発表] 立襟鞭毛虫遺伝子から探る動物初期進化における遺伝子多様化:(1)シグナル伝達系関連遺伝子の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之、隈啓一、廣瀬希、菅裕、加藤和貴、藤博幸、宮田隆
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜市)(一般講演(ポスター発表:4P-1239))
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] 立襟鞭毛虫遺伝子から探る動物初期進化における遺伝子多様化:(2)細胞接着、アポトーシス、転写調節関連遺伝子の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一、岩部直之、廣瀬希、菅裕、加藤和貴、藤博幸、宮田隆
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜市)(一般講演(ポスター発表:4P-1240))
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] 立襟鞭毛虫遺伝子から探る動物初期進化における遺伝子多様化:(1)シグナル伝達系関連遺伝子の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 他
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] 立襟鞭毛虫遺伝子から探る動物初期進化における遺伝子多様化:(2)細胞接着、アポトーシス、転写関連遺伝子の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一, 他
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-14
• [学会発表] 立襟鞭毛虫・ゲノムと多細胞体制の進化, シンポジウムS4「動物進化のゲノム基盤」 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之、隈啓一、加藤和貴、菅裕、廣瀬希、藤博幸、岡田雅人、笠原雅弘、森下真一、小原雄治、藤山秋佐夫、宮田隆
  • 学会等名: 日本進化学会第9回京都大会
  • 発表場所: 京都大学理学部(京都市)(口頭発表:S4-1)
  • 年月日: 2007-09-02
• [学会発表] 立襟鞭毛虫・ゲノムと多細胞体制の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 他
  • 学会等名: 日本進化学会 第9回 京都大会
  • 発表場所: 京都大学 吉田キャンパス
  • 年月日: 2007-09-02
• [学会発表] 細胞外カドヘリンドメインを持つタンパク質の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一、加藤和貴、藤博幸、宮田隆、岩部直之
  • 学会等名: 日本進化学会第9回京都大会
  • 発表場所: 京都大学理学部(京都市)(一般講演(口頭発表:A11))
  • 年月日: 2007-08-31
• [学会発表] 細胞外カドヘリンドメインを持つタンパク質の進化 (2007)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一, 他
  • 学会等名: 日本進化学会 第9回 京都大会
  • 発表場所: 京都大学 吉田キャンパス
  • 年月日: 2007-08-31
• [学会発表] シグナル伝達系遺伝子についての系統樹データベースの作成 (2005)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一、廣瀬希、藤博幸、岩部直之
  • 学会等名: 日本分子生物学会第28回年会
  • 発表場所: 福岡ドーム(福岡市)(一般講演(ポスター発表:1P-0208))
  • 年月日: 2005-12-07
• [図書] Multiple Alignment of DNA Sequences with MAFFT.'Bioinformatics for DNA Sequence Analysis'(Chapter 3, Methods in Molecular Biology, 537) (2009)
  • 著者名/発表者名: Katoh, K., Asimenos, G., Toh, H.
• [図書] 研究をささえるモデル生物:実験室いきものガイド(Emerging Model Organisms -立襟鞭毛虫.) (2009)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之
  • 総ページ数: 198
  • 出版者: 化学同人
• [図書] シリーズ21世紀の動物科学3動物の形態進化のメカニズム(発生と分子進化) (2007)
  • 著者名/発表者名: 星山大介、岩部直之
  • 出版者: 培風館
• [図書] 細胞工学別冊比較ゲノム学から読み解く生命システム:基本概念から最新ゲノム情報まで(分子進化と比較ゲノム-立襟鞭毛虫の遺伝子から探る動物の多細胞化) (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之、菅裕、廣瀬希、隈啓一、藤博幸、岡田雅人
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] シリーズ21世紀の動物科学3 動物の形態進化のメカニズム 1章 「発生と分子進化」 (2007)
  • 著者名/発表者名: 星山大介、岩部直之
  • 総ページ数: 40
  • 出版者: 培風館
• [図書] 細胞工学別冊 比較ゲノム学から読み解く生命システム 6章 「分子進化と比較ゲノム:立襟鞭毛虫の遺伝子から探る動物の多細胞化」 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 他
  • 総ページ数: 8
  • 出版者: 秀潤社
• [備考]
  • URL: http://www.evol.biophys.kyoto-u.ac.jp/genome.html
• [備考]
  • URL: http://www.evol.biophys.kyoto-u.ac.jp/genome.html
• [備考]
  • URL: http://www.evol.biophys.kyoto-u.ac.jp/gendme.html