生命システム解明の基盤データベース構築

• 研究課題/領域番号: 17020005
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
• 研究分担者: 服部 正泰 京都大学, 化学研究所, 助教 (60372554) ; 片山 俊明 東京大学, 医科学研究所, 助教 (60396869)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 356,100千円 (直接経費: 356,100千円); 2009年度: 70,800千円 (直接経費: 70,800千円); 2008年度: 70,200千円 (直接経費: 70,200千円); 2007年度: 70,200千円 (直接経費: 70,200千円); 2006年度: 70,200千円 (直接経費: 70,200千円); 2005年度: 74,700千円 (直接経費: 74,700千円)
• キーワード: ゲノム / プロテオーム / バイオインフォマティクス / パスウェイ・ネットワーク / ケミカルゲノム / ケモインフォマティクス / システム生物学 / ゲノムデータベース / パスウェイデータベース / ネットワーク解析 / 相互作用解析 / 反応予測 / バイオィンフォマティクス / パスウェィデータベース

研究概要

ゲノム・メタゲノムから細胞・個体・生態系といった高次生命システムの機能と有用性を解読するための基盤データベースとしてKEGGの拡張を行った。とくにゲノムの配列情報から分子ネットワークを予測し、生命システムを解読するゲノムアノテーション技術、化合物の化学構造情報から反応予測を行い、微生物による環境物質の分解経路や植物の二次代謝物質合成経路などを解明するケミカルアノテーション技術を確立した。

研究成果

• [雑誌論文] PathPred: an enzyme-catalyzed metabolic pathway prediction server. (2010)
  • 著者名/発表者名: Moriya, Y., Shigemizu, D., Hattori, M., Tokimatsu, T., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Epub 2010
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Goto, S., Furumichi, M., Tanabe, M., Hirakawa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 38
  • 査読あり
• [雑誌論文] E-zyme: predicting potential EC numbers from the chemical transformation pattern of substrate-product pairs. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Hattori, M., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 25
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drug development. (2009)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 49 ページ: 1122-1129
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Tokimatsu, T., Kawano, S., Yoshizawa, A.C., Okuda, S., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Carbohydr. Res. 344 ページ: 881-887
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization and classification of adverse drug interactions. (2009)
  • 著者名/発表者名: Takarabe, M., Shigemizu, D., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Informatics 22 ページ: 167-175
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of a lipid biosynthesis protein family and phospholipid structural variations. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, M., Moriya, Y., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Informatics 22 ページ: 191-201
  • 査読あり
• [雑誌論文] E-zyme : predicting potential EC numbers from the chemical transformation pattern of substrate-product pairs. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Hattori, M., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 25
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drug development. (2009)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J.Chem. Inf. Model. 49 ページ: 1122-1129
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Tokimatsu, T., Kawano, S., Yoshizawa, A.C. , Okuda, S., Goto, S.,Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Carbohydr. Res. 344 ページ: 881-887
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drug development (2009)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., Goto, S., and Kanehisa, M
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Tokimatsu, T., Kawano, S., Yoshizawa, A.C., Okuda, S., Goto, S., and Kaehisa, M
  • 雑誌名: Carbohydr. Res (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] E-zyme : predicting potential EC numbers from the chemical transformation pattern of substrate-product (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Hattori, M., Kotera, M., Goto, S., and
  • 雑誌名: Bioinformatics (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., Honda, W., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 24 ページ: 232-240
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways. (2008)
  • 著者名/発表者名: Okuda, S., Yamada, T., Hamajima, M., Itoh, M., Katayama, T., Bork, P., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic survey for novel types of prokaryotic retroelements based on gene neighborhood and protein architecture. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kojima, K.K., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 25 ページ: 1395-1404
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG for linking genomes to life and the environment. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Araki, M., Goto, S., Hattori, M., Hirakawa, M., Itoh, M., Katayama, T., Kawashima, S., Okuda, S., Tokimatsu, T., Yamanishi, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acid variations in 56 eukaryotic genomes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Yoshizawa, A.C., Okuda, S., Kuma, K., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Lipid Res. 49 ページ: 183-191
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic survey for novel types of prokaryotic retroelements based on gene neighborhood and protein architecture (2008)
  • 著者名/発表者名: Kojima, K.K. and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol 25 ページ: 1395-1404
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways (2008)
  • 著者名/発表者名: Okuda ; S., Yamada, T., Hamajima, M., Itoh, M., Katayama, T., Bork, P., Goto. S. and Kanehisa, M
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., Honda, W., and
  • 雑誌名: Bioinformatics 24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Takigawa, I., Shiga, M., Kanehisa, M., and
  • 雑誌名: Bioinformatics 24
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network analysis of adverse drug interactions (2008)
  • 著者名/発表者名: Takarabe, M., Okuda, S., Itoh, M., Tokimatsu, T., Goto, S., and Kariphisa, M
  • 雑誌名: Genome Informatics 20 ページ: 252-259
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized reaction patterns for prediction of unknown enzymatic reactions (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Hattori, M., Goto, S., and Kanehisa. M
  • 雑誌名: Genome Informatics 20 ページ: 149-158
  • NAID: 130003997519
  • 査読あり
• [雑誌論文] The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acid variations in 56 eukaryotic genomes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Yoshizawa, A.C., Okuda, S., Kuma, K., Goto, S., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Lipid Res. 49 ページ: 183-191
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG for linking genomes t0 life and the environment. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Araki, M., Goto, S., Hattori, M., Hirakawa, M., Itoh, M., Katayama, T., Kawashima, S., Okuda, S., Tokimatsu, T., and yamanishi, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 6 ページ: 480-484
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of endocrine disruptor biodegradation by integration of structure-activity relationship with pathway analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadowaki, T., Wheelock, C.E., Adachi, T., Kudo, T., Okamoto, S., Tanaka, N., Tonomura, K., Tsujimoto, G., Mamitsuka, H., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Environ. Sci. Technol. 41 ページ: 7997-8003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining prokaryotic genomes for unknown amino acids: a stop-codon-based approach. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujita, M., Mihara, H., Goto, S., Esaki, N., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 225-225
  • NAID: 120004770237
  • 査読あり
• [雑誌論文] Observing metabolic functions at the genome scale. (2007)
  • 著者名/発表者名: er, J.C., de Daruvar, A., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Biol. 8
  • NAID: 120004770252
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary history and functional implications of protein domains and their combinations in eukaryotes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Itoh, M., Nacher, J.C., Kuma, K.I., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Biol. 8
  • NAID: 120004770238
  • 査読あり
• [雑誌論文] The commonality of protein interaction networks determined in Neurodegenerative disorders (NDDs). (2007)
  • 著者名/発表者名: Limviphuvadh, V., Tanaka, S., Goto, S., Ueda, K., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 23 ページ: 2129-2138
  • 査読あり
• [雑誌論文] KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server. (2007)
  • 著者名/発表者名: Moriya, Y., Itoh, M., Okuda, S., Yoshizawa, A., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic analysis of enzyme-catalyzed reaction patterns and prediction of microbial biodegradation pathways. (2007)
  • 著者名/発表者名: Oh, M., Yamada, T., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 47 ページ: 1702-1712
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of distinctive polyketide and nonribosomal peptide structural motifs encoded in microbial genomes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Minowa, Y., Araki, M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 368 ページ: 1500-1517
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of missing enzyme genes in bacterial metabolic network: a reconstruction of lysine degradation pathway of Pseudomonas aeruginosa. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Mihara, H., Osaki, M., Muramatsu, H., Esaki, N., Sato, T., Hizukuri, Y., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: FEBS J. 274 ページ: 2262-2273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of nitrogen metabolism-related genes in Anabaena by kernel-based network analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: Okamoto, S., Yamanishi, Y., Ehira, S., Kawashima, S., Tonomura, K., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Proteomics 7 ページ: 900-909
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of distinctive polyketide and nonribosomal peptide structural motifs encoded in microbial genomes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Minowa, Y., Araki, M., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 368 ページ: 1500-1517
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic analysis of enzyme-catalyzed reaction patterns and prediction of microbial biodegradation pathways. (2007)
  • 著者名/発表者名: Oh, M., Yamada, T., Hattori, M., Goto, S., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 47 ページ: 1702-1712
  • 査読あり
• [雑誌論文] KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server. (2007)
  • 著者名/発表者名: Moriya, Y., Itoh, M., Okuda, S., Yoshizawa, A., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 35 ページ: 182-185
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining prokaryotic genomes for unknown amino acids: a stop-codon-based approach. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujita, M., Mihara, H., Goto, S., Esaki, N., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 225-225
  • NAID: 120004770237
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary history and functional implications of protein domains and their combinations in eukaryotes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Itoh, M., Nacher, J.C., Kuma, K.I., Goto, S., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Biol. 8 ページ: 121-121
  • NAID: 120004770238
  • 査読あり
• [雑誌論文] The commonality of protein interaction networks determined in Neurodegenerative disordets (NDDS). (2007)
  • 著者名/発表者名: Limviphuvadh, V., Tanaka, S., Goto, S., Ueda, K., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 23 ページ: 2129-2138
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of endocrine disruptor biodegradation by integration of structure-activity relationship with pathway analysis. Environ. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadowaki, T., Wheelock, C.E., Adachi, T., Kudo, T., Okamoto, S., Tanaka, N., Tonomura, K., Tsujimoto, G., Mamitsuka, H., Goto, S., and Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Sci. Technol. 41 ページ: 7997-8003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic analysis of enzyme-catalyzed reaction patterns and prediction of microbial biodegradation pathways. (2007)
  • 著者名/発表者名: Oh, M., Yamada, T., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. (in Press)
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of distinctive polyketide and nonribosomal peptide structural motifs encoded in microbial genomes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Minowa, Y., Araki, M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. (in Press)
• [雑誌論文] Extracting sequence motifs and the phylogenetic features of SNARE-dependent membrane traffic. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yoshizawa, A.C., Kawashima, S., Okuda, S., Fujita, M., Itoh, M., Moriya, Y., Hattori, M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Traffic 7 ページ: 1104-1118
  • 査読あり
• [雑誌論文] EGassembler: online bioinformatics service for large-scale processing, clustering and assembling ESTs and genomic DNA fragments. (2006)
  • 著者名/発表者名: Masoudi-Nejad, A., Tonomura, K., Kawashima, S., Moriya, Y., Suzuki, M., Itoh, M., Kanehisa, M., Endo, T., Goto, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG as a glycome informatics resource. (2006)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Goto, S., Kawano, S., Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Hamajima, M., Kawasaki, T., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Glycobiology 16
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitative elementary mode analysis of metabolic pathways: the example of yeast glycolysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Schwartz, J.M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 7 ページ: 186-186
  • NAID: 120004770253
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction of phylogenetic network modules from the metabolic network. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yamada, T., Kanehisa, M., Goto, S.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 7 ページ: 130-130
  • NAID: 120004770316
  • 査読あり
• [雑誌論文] From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. (2006)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Goto, S., Hattori, M., Aoki-Kinoshita, K.F., Itoh, M., Kawashima, S., Katayama, T., Araki, M., Hirakawa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
  • 査読あり
• [雑誌論文] EGassembler : online bioinformatics service for large-scale processing, clustering and assembling ESTs and genomic DNA fragments. (2006)
  • 著者名/発表者名: Masoudi-Nejad, A., Tonomura, K., Kawashima, S., Moriya, Y., Suzuki, M., Itoh, M., Kanehisa, M., Endo, T., Colo, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
• [雑誌論文] Quantitative elementary mode analysis of metabolic pathways : the example of yeast glycolysis. (2006)
  • 著者名/発表者名: Schwartz, J.M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 7 ページ: 186-186
  • NAID: 120004770253
• [雑誌論文] KEGG as a glycome informatics resource. (2006)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Goto, S., Kawano, S., Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Hamajima, M., Kawasaki, T., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Glycobiology (in press)
• [雑誌論文] From genomics to chemical genomics : new developments in KEGG (2006)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Goto, S., Hattori, M., Aoki-Kinoshita, K.F., Itoh, M., Kawashima, S., Katayama, T., Araki, M., Hirakawa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 34(Database issue)
• [雑誌論文] EGassembler : online bioinformatics service for large-scale processing, clustering and assembling ESTs and genomic DNA fragments. (2006)
  • 著者名/発表者名: Masoudi-Nejad, A., Tonomura, K., Kawashima, S., Moriya, Y., Suzuki, M., Itoh, M., Kanehisa, M., Endo, T., Goto, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 34(in press)
• [雑誌論文] A quadratic programming approach for decomposing steady-state metabolic flux distributions onto elementary modes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Schwartz, J.M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of glycan structures from gene expression data based on glycosyltransferase reactions. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kawano, S., Hashimoto, K., Miyama, T., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 3976-3982
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction of leukemia specific glycan motifs in human by computational glycomics. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hizukuri, Y., Yamanishi, Y., Nakamura, O., Yagi, F., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Carbohydr. Res. 340 ページ: 2270-2278
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction of leukemia specific glycan motifs in human by computational glycomics. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hizukuri, Y., Yamanishi, Y., Nakamura, O., Yagi, F., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Carbohydrate Research 340(14) ページ: 2270-2278
• [雑誌論文] Prediction of glycan structures from gene expression data based on glycosyltransferase reactions. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kawano, S., Hashimoto, K., Miyama, T., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(21) ページ: 3976-3982
• [雑誌論文] A global representation of the carbohydrate structures : a tool for the analysis of glycan. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K., Kawano, S., Goto, S., Aoki-Kinoshita, K., Kawashima, M., Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Genome Informatics 16(1) ページ: 214-222
• [学会発表] From metagenomes to pathways and diseases. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M.
  • 学会等名: First International Conference on Human Metagenomics
  • 発表場所: Shenzhen, China
  • 年月日: 2010-03-03
• [学会発表] Comprehensive analysis of polyketide synthase families. (2009)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y., Kotera, M., Tokimatsu, T., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Analysis of plant UGT family sequences and substrate specificity. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishimura, Y., Tokimatsu, T., Kotera, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Reclassification of oxidoreductase subclasses based on the relationships of reductants and oxidants. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kotera, M., Tokimatsu, T., Nakagawa, Z., Moriya, Y., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Extracting common substructures of GPCR ligands. (2009)
  • 著者名/発表者名: Erguner, B., Hattori, M., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Structural clustering of plant secondary metabolite to estimate compound classes reflecting their biosynthetic pathway. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tokimatsu, T., Kotera, M., Goto, S., Kanaya, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] Chemical continuity of reaction centers along successive metabolic reactions. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hattori, M., Kotera, M., Muto, A., Goto, S., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] Structural similarity-based approach to characterize crude drug components. (2009)
  • 著者名/発表者名: tuto, A., Kanehisa, M.
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] Extremely Short 5' Untranslated Region in Entamoeba genes (2009)
  • 著者名/発表者名: 平糠和志
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] 未知の酵素反応予測に向けた一般化反応パターンの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水祐吾
  • 学会等名: BMB2008(第31回分子生物学会年会・第81回日本生化学会大)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] 医薬品添付卒書に基づく薬物相互作用の網羅的解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 財部将孝
  • 学会等名: BMB2008(第31回分子生物学会年会・第81回日本生化学会大
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] The global picture of glycosyltransferase families in eukarvotes (2008)
  • 著者名/発表者名: Kosuke Hashimoto
  • 学会等名: Annual Meeting of the Society for Glycobiology
  • 発表場所: Dallas, TX, USA
  • 年月日: 2008-11-13
• [学会発表] A Web-based Prediction Tool for N-Glycan Structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Akitsugu Suga
  • 学会等名: Annual Meeting of the Society for Glycobiology
  • 発表場所: Dallas, TX, USA
  • 年月日: 2008-11-13
• [学会発表] Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Kosuke Hashimoto
  • 学会等名: European Conference on Computational Biology Sardinia
  • 発表場所: Sardinia, Italy
  • 年月日: 2008-09-25
• [学会発表] Analysis of Common Substructures of Metabolic Compounds within the Different Organism Groups. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ai Muto
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2007
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 2008-08-03
• [学会発表] An Improved Scoring Scheme for Predicting Glycan Structures from Gene Expression Data. (2008)
  • 著者名/発表者名: Akitsugu Suga
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2007
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 2008-08-02
• [学会発表] Network analysis of adverse drug interactions (2008)
  • 著者名/発表者名: Masataka Takarabe
  • 学会等名: 8th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2008
  • 発表場所: Berlin, Germany
  • 年月日: 2008-06-11
• [学会発表] Generalized Reaction Patterns for Prediction of Unknown Enzymatic Reactions (2008)
  • 著者名/発表者名: Yugo Shimizu
  • 学会等名: 〓th International Workshop on Bioinformatics and System Biology 2008
  • 発表場所: Berlin, Germany
  • 年月日: 2008-06-09
• [学会発表] Comprehensive analysis of sulfur transferases related to the synthesis of moco and 2-thiouridine (2008)
  • 著者名/発表者名: 小林武史
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Co-occurrence Analysis in Differentially Expressed Genes in Adenoma Using Frequent Itemset Mining (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷紗弥佳
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Metabolic Pathway. (2008)
  • 著者名/発表者名: Masataka Takarabe
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2007
  • 発表場所: Tokyo
• [学会発表] Analysis of the Relationship between EC Classification and Reaction Representations in KEGG RPAIR Database. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yugo Shimizu
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology2007
  • 発表場所: Tokyo
• [学会発表] Comprehensive Analysis of Enzymatic Reaction Mechanisms Based on the EC Classification and KEGG RPAIR Database. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yugo Shimizu
  • 学会等名: The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Biomformatics
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 2007-12-17
• [学会発表] KEGG as a glycome informatics resource (2007)
  • 著者名/発表者名: Kosuke Hashimoto
  • 学会等名: Gordon Research Conferences: Glycobiology
  • 発表場所: Ventura, California, USA
• [学会発表] Prediction of glycan structures form gene expression data based on improved scoring scheme. (2007)
  • 著者名/発表者名: Akitsugu Suga
  • 学会等名: Gordon Research Conferences: Glycobiology
  • 発表場所: Ventura, California, USA
• [学会発表] KEGG DRUG structure mapから化学変換パターンの抽出 (2007)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] パラログ遺伝子による代謝反応の基質多様性の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田中 道廣
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 橋本 浩介
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜
• [図書] Knowledge based analysis of protein interaction networks in neurodegenerative diseases. In "Neuroproteomics" (Alzate, O., ed. ) (2009)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Limviphuvadh, V., Tanabe, M.
  • 出版者: CRC Press
• [図書] 生化学 (2008)
  • 著者名/発表者名: 本渉、田辺麻央、矢野亜津子、金久實
  • 出版者: バイオインフォマティクス・システムバイオロジーとKEGG
• [図書] 蛋白質核酸酵素 (2008)
  • 著者名/発表者名: 橋本浩介、五斗進、金久實
  • 出版者: KEGG GLYCANデータベースと糖鎖インフォマティクス
• [図書] 実験医学 (2008)
  • 著者名/発表者名: 橋本浩介、五斗進、金久實
  • 出版者: KEGG : 生命システム情報統合データベース
• [備考] Thompson社ScienceWatchのEmerging Research Frontsにインタビュー記事(2008年2月)
• [備考] GenomeWeb社のBioInformにインタビュー記事(2008年1月)
• [備考] Thompson社Fast Breaking Paperに採択されインタビュー記事(2007年2月)
• [備考] KEGGデータベース
  • URL: http://www.genome.jp/kegg/
• [備考] KEGGデータベース
  • URL: http://www.genome.jp/kegg/
• [備考] KEGGデータベース
  • URL: http://www.genome.jp/kegg/
• [備考] KEGGデーターベス
  • URL: http://www.genome.jp/kegg/