シャペロニンGroELの第二のATP結合部位とその機能的役割

• 研究課題/領域番号: 20370066
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
• 研究代表者: 桑島 邦博 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (70091444)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 20,670千円 (直接経費: 15,900千円、間接経費: 4,770千円); 2010年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円); 2009年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2008年度: 10,010千円 (直接経費: 7,700千円、間接経費: 2,310千円)
• キーワード: 分子シャペロン / シャペロニン / ATP結合 / アロステリック転移 / 生物物理 / 分子機械 / 分子認識 / 生体分子 / 蛋白質

研究概要

細胞内の蛋白質の立体構造形成を助ける分子シャペロンの一つである、大腸菌シャペロニンGroELは、ATPと結合することによってその機能を発揮する。本研究ではGroELへのATP結合を光親和性標識、アミノ酸配列分析、ストップトフロー蛍光スペクトル、滴定型熱量計などを用いて調べた。その結果、(1)Tyr360近傍に2つ目のATP結合部位があること、(2)カリウムイオン非存在下では第1結合部位へのATP結合のみが観測され、その結合定数は10^4M^<-1>であること、などが明らかとなった。

研究成果

• [雑誌論文] Dissecting a bimolecular process of MgATP2. binding to the chaperonin GroEL. (2011)
  • 著者名/発表者名: Chen, J., Makabe K., Nakamura T., Inobe, T. Kuwajima K.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol., in the press.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dissecting a bimolecular process of MgATP^<2-> binding to the chaperonin GroEL (2011)
  • 著者名/発表者名: Jin Chen
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] 何が蛋白質のフォールディング経路を決めるのか? (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村敬, 真壁幸樹, 桑島邦博
  • 雑誌名: Medical Bio 9月号別冊「揺らぎと生体機能」オーム社東京 ページ: 52-57
• [雑誌論文] Adaptation of a hyperthermophilic group II chaperonin to relatively moderate temperatures. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanzaki, T., Ushioku, S., Nakagawa, A., Oka, T., Takahashi, K., Nakamura T., Kuwajima K. Yamagishi, A. Yohda, M.
  • 雑誌名: Protein Eng.Des.Sel. 23 ページ: 393-402
  • 査読あり
• [雑誌論文] Different folding pathways taken by highly homologous proteins, goat α-lactalbumin and canine milk lysozyme. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura T., Makabe K., Tomoyori, K., Maki, K., Mukaiyama, A. Kuwajima, K.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 396 ページ: 1361-1378
  • 査読あり
• [雑誌論文] Flexible recognition of the tRNA G18 methylation target site by TrmH methyltransferase through first binding and induced fit processes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ochi, A., Makabe K., Kuwajima K., Hori, H.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 9018-9029
  • 査読あり
• [雑誌論文] 何がタンパク質のフォールディング経路を決めるのか? (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村敬
  • 雑誌名: MedicalBio(オーム社) 巻: 10月号別冊 ページ: 49-54
• [雑誌論文] Flexible recognition of the tRNA G18 methylation target site by Trm Hmethyltransferase through first binding and induced fit processes (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Ochi
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 9018-9029
  • 査読あり
• [雑誌論文] Adaptation of a hyperthermophilic group II chaperonin to relatively moderate temperatures (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Kanzaki
  • 雑誌名: Protein.Eng.Des.Sel. 23 ページ: 393-402
  • 査読あり
• [雑誌論文] Different folding pathways taken by highly homologous proteins, goat α-lactalbumin and canine milk lysozyme (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Nakamura
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 396 ページ: 1361-1378
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-native-helix formation is not necessary for folding of lipocalin : Comparison of burst-phase folding between tear lipocalin and β-lactoglobulin. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsukamoto, S., Yamashita, T., Yamada, Y., Fujiwara, K., Maki, K., Kuwajima K., Matsumura, Y., Kihara, H., Tsuge, H. Ikeguchi, M.
  • 雑誌名: Proteins 76 ページ: 226-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-native α-helix formation is not necessary for folding of lipocalin : comparison of burst-phase folding between tear lipocalin and B-lactoglobulin (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Tsukamoto
  • 雑誌名: Proteins 76 ページ: 226-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-native α-helix formation is not necessary for folding of lipocalin : Comparison of burst-phase folding between tear lipocalin and β-lactoglobulin (2009)
  • 著者名/発表者名: S. TSUKAMOTO
  • 雑誌名: Proteins (掲載確定印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Asymmetry of the GroEL-GroES complex under physiological conditions as revealed by small-angle X-ray scattering. (2008)
  • 著者名/発表者名: Inobe, T., Takahashi, K., Maki, K., Enoki, S., Kamagata, K., Kadooka, A., Arai, M. Kuwajima K.
  • 雑誌名: Biophys.J. 94 ページ: 1392-1402
  • 査読あり
• [雑誌論文] Probing force- induced unfolding intermediates of a single staphylococcal nuclease molecule and the effect of ligand binding. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ishii, T., Murayama, Y., Katano, A., Maki, K., Kuwajima K. Sano, M.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res.Commun. 375 ページ: 586-591
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequential action of ATP-dependent subunit conformational change and interaction between helical protrusions in the closure of the built-in lid of group II chaperonins. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kanzaki, T., Iizuka, R., Takahashi, K., Maki, K., Masuda, R., Sahlan, M., Yebenes, H., Valpuesta, J.M., Oka, T., Furutani, M., Ishii, N., Kuwajima K., Yohda, M.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 283 ページ: 34773-34784
  • 査読あり
• [雑誌論文] 真性体および組換え体αラクトアルブミンの構造の安定性とダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 雑誌名: Milk Science 56 ページ: 119-122
• [雑誌論文] Sequential Action of ATP-dependent Subunit Conformational Change and Interaction between Helical Protrusions in the Closure of the Built-in Lid of Group II Chaperonins (2008)
  • 著者名/発表者名: T. KANZAKI
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 283 ページ: 34773-34784
  • 査読あり
• [雑誌論文] Probing force-induced unfolding intermediates of a single staphylococcal nuclease molecule and the effect of ligand binding (2008)
  • 著者名/発表者名: T. ISHII
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun. 375 ページ: 586-591
  • 査読あり
• [学会発表] Molecular mechanisms of the Escherichia coli chanperonin function (2011)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: 3rd APPA Conference
  • 発表場所: Shanghai University, Shanghai, China
  • 年月日: 2011-05-07
• [学会発表] Solution-phase H/D exchange coupled with FT-ICR MS to probe conformational dynamics of the ATP-dependent chaperone, GroEL (2011)
  • 著者名/発表者名: Q.Zhang, H.-M.Zhang, J.Chen, M.R.Emmett, C.L.Hendricksonl, K.Kuwajima A.G.Marshall
  • 学会等名: 8th North America FT MS Conference
  • 発表場所: Key West, Florida, USA
• [学会発表] Folding mechanism of β_2-microglobulin and its relationship to dialysis-related amyloidosis (2011)
  • 著者名/発表者名: A.Mukaiyama, T.Nakamura, K.Makabe, K.Maki, Y.Goto, K.Kuwajima
  • 学会等名: 3rd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and simulations
  • 発表場所: Lotte Hotel, Jeju, Korea
• [学会発表] "Identification of fatty-acid binding site in the anti-tumor complex of of-lactalbuin by 920-MHz NMR spectroscopy," IPR Seminar "Cooperation in Protein Science between Asian and Pacific Countries" (2010)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: the Institute for Protein Research
  • 発表場所: Osaka University
  • 年月日: 2010-06-14
• [学会発表] Identification of fatty-acid binding site in the anti-tumor complex of of α-lactalbuin by 920-MHz NMR spectroscopy (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: IPR Seminar"Cooperation in Protein Science between Asian and Pacific Countries, "
  • 発表場所: the Institute for Protein Research, Osaka University(大阪)
  • 年月日: 2010-06-14
• [学会発表] 蛋白質フォールディング問題とバイオサイエンス (2010)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 蛋白研-統合バイオ共同セミナー
  • 発表場所: 大阪大学蛋白質研究所
  • 年月日: 2010-04-22
• [学会発表] Molecular Mechanisms of Protein Folding (2010)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: The Overseas Sokendai Lecture in Bangkok FY2010&The Inaugural CU-IMS Joint Symposium
  • 発表場所: Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand
• [学会発表] Identification of fatty-acid binding site in the anti-tumor complex of of α-lactalbuin by 920-MHz NMR spectroscopy (2010)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: The 10th KIAS Conference on Protein Structure and Function, Korea Institute for Advanced Study (KIAS), Seoul, Korea
  • 発表場所: Seoul, Korea
• [学会発表] 蛋白質フォールディング経路の速度論的理解 (2010)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 2010年日本物理学会秋季大会シンポジウム「揺らぎが決める生体分子の構造形成と機能発現」
  • 発表場所: 大阪府立大学・中百舌鳥キャンパス
• [学会発表] "Is the Folding Pathway Conserved in Homologous Proteins?," Bit Life Science's 3rd Annual Protein and Peptide Conference "After a Solution of the Machines of Life," (2010)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: Beijing International Convention Center
  • 発表場所: Beijing, China
• [学会発表] Molecular mechanisms of protein folding," 2010 Annual Meeting of Asian CORE Program "Frontiers of Materials, Photo-, and Theoretical Molecular Sciences (2010)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: Insitute of Atomic and Molecular Sciences, Academia Sinica
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
• [学会発表] Dissecting a bimolecular mechanism of ATP binding to the chaperonin GroEL," 4^th International Symposium of "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions (2010)
  • 著者名/発表者名: J.Chen, K.Makabe, K.Kuwajima
  • 学会等名: Piaza Omi, Ohtsu
  • 発表場所: Piaza Omi, Ohtsu
• [学会発表] The molten globule state and its biological function in α-lactalbumin", 4^th International Symposium of "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions" (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Nakamura, K.Makabe, T.Aizawa, K.Kawano, M.Demura K.Kuwajima
  • 学会等名: Piaza Omi, Ohtsu
• [学会発表] Folding study of outer surface protein A The 4^th International Symposium of Molecular science of fluctuations toward biological functions (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Makabe, T.Nakamura, K.Kuwajima
  • 学会等名: Piaza Omi, Ohtsu
• [学会発表] Dissect a bimolecular mechanism of ATP binding to the chaperonin GroEL (2010)
  • 著者名/発表者名: J.Chen, K.Makabe, K.Kuwajima
  • 学会等名: YSF forum, OzBio2010 conference, 12^th IUBMB conference, 21^st FAOBMB conference
  • 発表場所: Melbourne, Australia
• [学会発表] Folding study of outer surface protein A (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Makabe, T.Nakamura, K.Kuwajima
  • 学会等名: 24^th annual symposium of the protein society
  • 発表場所: San Diego, USA
• [学会発表] Dissect a bimolecular mechanism of ATP binding to the chaperonin GroEL (2010)
  • 著者名/発表者名: J.Chen, K.Makabe, K.Kuwajima
  • 学会等名: 35^th FEBS Congress
  • 発表場所: Gothenburg, Sweden
• [学会発表] Identification of fatty-acid binding site in the anti-tumor complex of of α-lactalbuin by 920-MHz NMR spectroscopy (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: The 10th KIAS Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Korea Institute for Advanced Study, Seoul(Korea)
• [学会発表] Molecular Mechanisms of Protein Folding (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: The Overseas Sokendai Lecture in Bangkok FY2010 & The Inaugural CU-IMS Joint Symposium
  • 発表場所: Chulalongkorn University, Bangkok(Thailand)
• [学会発表] Molecular Mechanisms of Protein Folding (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: 2010 Annual Meeting of Asian CORE Program "Frontiers of Materials, Photo-, and Theoretical Molecular Sciences"
  • 発表場所: Institute of Atomic and Molecular Sciences, Academia Sinica, Taiwan
• [学会発表] Is the folding pathway conserved in homologous proteins? (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: PepCon-2010
  • 発表場所: Beijing International Convention Center, China
• [学会発表] A Potassium Switch of ATP-Induced GroEL Conformational Changes (2009)
  • 著者名/発表者名: J.Chen, K.Makabe, K.Kuwajima
  • 学会等名: 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences .Experiments and Simulations (Asian Core Program by JSPS), Symposion Hall
  • 発表場所: Nagoya University
• [学会発表] The molten globule state and its biological function in-lactalbumin (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Nakamura, K.Makabe, T.Aizawa, K.Kawano, M.Demura, K.Kuwajima
  • 学会等名: 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations (Asian Core Program by JSPS), Symposion Hall
  • 発表場所: Nagoya University
• [学会発表] Role of the Main-Chain Hydrogen Bonding in-Sheet Register (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Makabe, S.Koide, K.Kuwajima
  • 学会等名: 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences.Experiments and Simulations (Asian Core Program by JSPS)
  • 発表場所: Symposion Hall Nagoya University
• [学会発表] Hydrogen-exchange kinetics of the Escherichia coli chaperonin complex (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Mukaiyama, T.Takahashi, K.Makabe, K.Kuwajima
  • 学会等名: 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Science-Experiments and Simulations (Asian Core Program by JSPS)
  • 発表場所: Symposion Hall, Nagoya University
• [学会発表] A minor component of native β2-microglobulin and its relationship to dialysis-related amyloidosis (2009)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: The 9th KIAS.SNU Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
• [学会発表] 大腸菌シャペロニンの構造ダイナミクスと機能発現 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 第58高分子討論会シンポジウム「生体に学ぶセンシング,物質輸送,分離」
  • 発表場所: 熊本大学工学部
• [学会発表] Hydrogen-exchange kinetics of the Escherichia coli chaperonin complex," Japan-Korea Symposium on Molecular Science 2009 "Chemical Dynamics in Materials and Biological Molecular Sciences (2009)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: Asian Core Program by JSPS
  • 発表場所: Awaji Yumebutai International Conference Center
• [学会発表] 大腸菌シャペロニンの構造ダイナミクスと機能発現 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「生体分子の揺らぎと機能
  • 発表場所: 熊本全日空ホテル
• [学会発表] 相同蛋白質のフォールディング機構:αラクトアルブミンとリゾチームの比較研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 次世代スパコンプロジェクト・ナノ分野グランドチャレンジ研究開発・ナノ統合拠点分子科学WG連続研究会「タンパク質制御(フォールディング)
  • 発表場所: 東京医科歯科大学
• [学会発表] Folding mechanism of homologous proteins : A comparative study betweenα-lactalbumin and lysozyme (2009)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: 科研費特定領域研究「水と生体分子」成果取りまとめ公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター
• [学会発表] Pathway vs.funnel perspectives of protein folding (2009)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences.Experiments and Simulations (Asian Core Program by JSPS)Korea Institute for Advanced Study (KIAS)
  • 発表場所: Korea
• [学会発表] シャペロニンの構造揺らぎとフォールディング介助機能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 科研費新学術領域研究「揺らぎと生体機能」第1回公開シンポジウム
  • 発表場所: 京都テレサ
• [学会発表] Hydrogen-exchange kinetics of the Escherichia coli chaperonin complex (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: Japan-Korea Symposium on Molecular Science 2009 "Chemical Dynamics in Materials and Biological Molecular Sciences"
  • 発表場所: Awaji Yumebutai International Conference Center, Awajishima, Japan
• [学会発表] A minor component of native β2-microglobulin and its relationship to dialysis-related amyloidosis (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: The 9th KIAS-SNU Conference on Protein Structure and Function, Seoul National University
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
• [学会発表] Hydrogen-exchange kinetics of the Escherichia coli chaperonin complex (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Kuwajima
  • 学会等名: 2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences -Experiments and Simulations
  • 発表場所: Nagoya University, Nagoya, Japan
• [学会発表] Molecular Mechanisms of the Chaperone Function of GroEL (2008)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 8th KIAS-Yonsei Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Seoul, Korea.
  • 年月日: 2008-10-11
• [学会発表] Folding Mechanisms of Homologous Proteins : A Comparative Study between Lysozyme and α-Lactalbumin (2008)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: ACS 236^<th> National Meeting Symposium
  • 発表場所: Philadelphia, U. S. A.
  • 年月日: 2008-08-21
• [学会発表] αラクトアルブミンとリゾチームのフォールディング経路はなぜ違うのか? (2008)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 札幌生体高分子シンポジウム
  • 発表場所: 北海道大学・学術交流会館
• [学会発表] Molecular Mechanisms of the Chaperone Function of GroEL (2008)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: the 8th KIAS-Yonsei Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Seoul (Korea)
• [学会発表] Folding Mechanisms of Homologous Proteins : A Comparative Study between Lysozyme and alph-Lactalbumin (2008)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: ACS 236^th National Meeting Symposium Protein Folding Dynamics: Experiment and Theory
  • 発表場所: Philadelphia (U.S.A.)
• [学会発表] Folding Mechanism of Homologous Proteins : A Comparative Study ofα-Lactalbumin and Lysozyme (2008)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: 膜蛋白質研究国際フロンティア国際シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(吹田市)
• [学会発表] 相同蛋白質のフォールディング機構イヌ乳リゾチームとヤギαラクトアルブミンの比較研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 桑島邦博
  • 学会等名: 次世代スーパーコンピュータプロジェクト「ナノ分野グランドチャレンジ研究開発」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター
• [学会発表] Folding Mechanisms of Homologous Proteins : A Comparative Study between Lysozyme and α-Lactalbumin (2008)
  • 著者名/発表者名: 邦博桑島
  • 学会等名: 2nd Pacific Rim International Conference of Protein Science
  • 発表場所: Cairns (Australia)
• [図書] A.Experimental and Simulation Studies of the Folding/Unfolding of Goat α-Lactalbumin In : Water and Biomolecules-Physical Chemistry of Life Phenomena. (Kuwajima.K, Goto.Y, Hirata.F, Kataoka.M.& Terazima. M, Eds.) (2009)
  • 著者名/発表者名: Kuwajima, K., Oroguchi, T., Nakamura, T., Ikeguchi, M. Kidera
  • 出版者: Springer-Verlag.
• [図書] Water and Biomolecules-Physical Chemistry of Life Phenomena (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Kuwajima
  • 総ページ数: 307
  • 出版者: Springer-Verlag, Berlin & Heidelberg
• [備考] ホームページ
  • URL: http://gagliano.ims.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://gagliano.ims.ac.jp/Welcome.html
• [備考]
  • URL: http://gagliano.ims.ac.jp/Welcome.html
• [備考]
  • URL: http://gagliano.ims.ac.jp/Welcome.html