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QM/MMに基づく分子動力学計算による新規蛍光プローブの分子設計

研究課題

研究課題/領域番号 20H02701
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

八木 清  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 専任研究員 (30401128)

研究分担者 花岡 健二郎  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (70451854)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2021年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2020年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
キーワードQM/MM計算 / 蛍光イメージング / タンパク質・リガンド相互作用 / 蛍光プローブ / 分子動力学計算 / 量子化学 / イメージング / 蛍光プローブ分子
研究開始時の研究の概要

蛍光イメージングは、標的タンパク質を蛍光ラベル化することで、細胞内動態の直接観察を可能にする、生命科学研究に必要不可欠な手法である。最近、タグタンパク質-蛍光プローブが新たなラベル化手法として注目を集めている。しかし、その光機能制御にはまだ課題があり、タグタンパク質-蛍光プローブの相互作用と光化学過程に対する基礎的な理解が求められている。本課題では、量子化学(QM)計算と分子力場(MM)を組み合わせたQM/MM法を用いて、タンパク質環境にある蛍光プローブの構造とダイナミクスを計算する。計算化学と有機合成化学で共同し、タンパク質と特異的に結合し、発光する新規蛍光プローブの設計を目指す。

研究成果の概要

本研究では、量子化学(QM)計算と分子力場(MM)を組み合わせたQM/MM法を用いて、タンパク質環境にある蛍光プローブの構造とダイナミクスを計算した。タンパク質と蛍光プローブの結合状態、電子励起により誘起される構造変化を求め、蛍光発光の分子機構を解明した。得られた知見に基づき、タンパク質と特異的に結合し、発光する新規蛍光プローブを設計することに成功した。この研究成果を報告した論文がJACS誌に掲載された(JACS 2022, 144, 19778-19790)。また、計算・合成の両面において、技術的な進展も大いにあり、関連する論文発表15報、学会発表26件(招待講演20件)となった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

蛍光イメージングは、標的タンパク質を蛍光ラベル化することで、その細胞内動態の直接観察を可能にする、生命科学研究に必要不可欠な手法である。最近、タグタンパク質-蛍光プローブが新たなラベル化手法として注目を集めているが、その光機能制御にはまだ課題があった。本研究では、理論計算と有機合成で共同し、蛍光プローブとタンパク質の相互作用と光化学過程を原子レベルで解明し、「結合すると光る」新しい性質を持った蛍光プローブの設計に成功した。本研究で得られた技術は生体環境中の光機能分子へ広く適用できる。今後、特定のタンパク質の蛍光標識や光免疫療法に有効なプローブ分子の分子設計など、幅広い応用の可能性がある。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 3件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 6件、 招待講演 20件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] China Pharmaceutical University/East China Normal University(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Nebraska, Lincoln/Pacific Northwest National Laboratory/University of Washington, Seattle(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Universitat de Valencia(スペイン)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Allosteric regulation of ホイ-reaction stage I in tryptophan synthase upon the ホア-ligand binding2023

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 158 号: 11 ページ: 115101-115101

    • DOI

      10.1063/5.0134117

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of pathway-oriented screening to identify compounds to control 2-methylglyoxal metabolism in tumor cells2023

    • 著者名/発表者名
      Yanagi Kouichi、Komatsu Toru、Fujikawa Yuuta、Kojima Hirotatsu、Okabe Takayoshi、Nagano Tetsuo、Ueno Tasuku、Hanaoka Kenjiro、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 6 号: 1 ページ: 68-68

    • DOI

      10.1038/s42004-023-00864-y

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 創薬研究のための蛍光プローブの分子設計と活用方法2022

    • 著者名/発表者名
      花岡 健二郎
    • 雑誌名

      MEDCHEM NEWS

      巻: 32 号: 2 ページ: 87-92

    • DOI

      10.14894/medchem.32.2_87

    • ISSN
      2432-8618, 2432-8626
    • 年月日
      2022-05-01
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] General Design Strategy to Precisely Control the Emission of Fluorophores via a Twisted Intramolecular Charge Transfer (TICT) Process2022

    • 著者名/発表者名
      Hanaoka Kenjiro、Iwaki Shimpei、Yagi Kiyoshi、Myochin Takuya、Ikeno Takayuki、Ohno Hisashi、Sasaki Eita、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Uchigashima Motokazu、Mikuni Takayasu、Tainaka Kazuki、Tahara Shinya、Takeuchi Satoshi、Tahara Tahei、Uchiyama Masanobu、Nagano Tetsuo、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 43 ページ: 19778-19790

    • DOI

      10.1021/jacs.2c06397

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 126 号: 17 ページ: 3300-3308

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c01556

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Folate receptor-targeted near-infrared photodynamic therapy for folate receptor-overexpressing tumors2022

    • 著者名/発表者名
      Aung Winn, Tsuji Atsushi B, Hanaoka Kenjiro, Higashi Tatsuya
    • 雑誌名

      World Journal of Clinical Oncology

      巻: 13(11) 号: 11 ページ: 880-895

    • DOI

      10.5306/wjco.v13.i11.880

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Re Suyong、Mori Takaharu、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 72 ページ: 88-94

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.08.008

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid visualization of deeply located tumors in vivo by intravenous administration of a γ-glutamyltranspeptidase-activated fluorescent probe2022

    • 著者名/発表者名
      Akihiro Nakada, Takuma Maruyama, Mako Kamiya, Kenjiro Hanaoka, Yasuteru Urano
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chemistry

      巻: 33 号: 3 ページ: 523-529

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.2c00039

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a fluorescent probe library enabling efficient screening of tumour-imaging probes based on discovery of biomarker enzymatic activities2022

    • 著者名/発表者名
      Kuriki Yugo、Yoshioka Takafusa、Kamiya Mako、Komatsu Toru、Takamaru Hiroyuki、Fujita Kyohhei、Iwaki Hirohisa、Nanjo Aika、Akagi Yuki、Takeshita Kohei、Hino Haruaki、Hino Rumi、Kojima Ryosuke、Ueno Tasuku、Hanaoka Kenjiro、Abe Seiichiro、Saito Yutaka、Nakajima Jun、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 13 号: 16 ページ: 4474-4481

    • DOI

      10.1039/d1sc06889j

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Exploring the Minimum-Energy Pathways and Free-Energy Profiles of Enzymatic Reactions with QM/MM Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 18 ページ: 4701-4713

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c01862

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anharmonic Vibrational Calculations Based on Group-Localized Coordinates: Applications to Internal Water Molecules in Bacteriorhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 17 号: 8 ページ: 5007-5020

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00060

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Towards complete assignment of the infrared spectrum of the protonated water cluster H+(H2O)212021

    • 著者名/発表者名
      Liu Jinfeng、Yang Jinrong、Zeng Xiao Cheng、Xantheas Sotiris S.、Yagi Kiyoshi、He Xiao
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 6141-6141

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26284-x

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Retinal Vibrations in Bacteriorhodopsin are Mechanically Harmonic but Electrically Anharmonic: Evidence From Overtone and Combination Bands2021

    • 著者名/発表者名
      Lorenz-Fonfria Victor A.、Yagi Kiyoshi、Ito Shota、Kandori Hideki
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 8 ページ: 749261-749261

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.749261

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discovery of an F-actin-binding small molecule serving as a fluorescent probe and a scaffold for functional probes2021

    • 著者名/発表者名
      Takagi T, Ueno T, Ikawa K, Asanuma D, Nomura Y, Uno S, Komatsu T, Kamiya M, Hanaoka K, Okimura C, Iwadate Y, Hirose K, Nagano T, Sugimura K and Urano Y.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7(47) 号: 47

    • DOI

      10.1126/sciadv.abg8585

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A cytosolically localized far-red to near-infrared rhodamine-based fluorescent probe for calcium ions2020

    • 著者名/発表者名
      Numasawa Koji、Hanaoka Kenjiro、Ikeno Takayuki、Echizen Honami、Ishikawa Tomoe、Morimoto Masakazu、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Ikegaya Yuji、Nagano Tetsuo、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      The Analyst

      巻: 145 号: 23 ページ: 7736-7740

    • DOI

      10.1039/d0an01739f

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] QM/MM法の開発と生体分子の振動解析と化学反応への応用2022

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス2022

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      第20回「高速分子動画」オンラインセミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of QM/MM methods and applications to chemical reactions of biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi
    • 学会等名
      Tokyo Metropolitan University, Mini workshop
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Searching for the Structure of a Capped Pentapeptide, SIVSF, Using a Similarity Score of Infrared Spectra2022

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi
    • 学会等名
      3rd International Symposium of JSPS Core-to-Core Program on “Molecular Recognition Mechanism between Flexible Molecules”
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ケイ素置換キサンテン系蛍光色素の創製と蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      花岡健二郎
    • 学会等名
      第26回 ケイ素化学協会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規蛍光団の創製を基盤とした蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      花岡健二郎
    • 学会等名
      第9回バイオ関連化学シンポジウム若手フォーラム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 医療・創薬への応用を目指した蛍光プローブの創製2022

    • 著者名/発表者名
      花岡健二郎
    • 学会等名
      未来医学研究会 マンスリーセミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規蛍光団の創製を基盤とした蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      花岡健二郎
    • 学会等名
      第22回ワークショップ:バイオイメージングの最前線 ー生体分子の可視化ー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ねじれ型分子内電荷移動(TICT)機構に基づく酵素活性検出蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      杉本 瑞樹、佐々木 栄太、大野 久史、花岡 健二郎
    • 学会等名
      第147回 日本薬理学会 関東部会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内オルガネラpHを定量可能なレシオ型pH蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      野本 歩夢、花岡 健二郎、浦野 泰照
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ねじれ型ローダミンを用いた有機小分子-タンパク質ハイブリッド型粘性検出蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      榛葉 満理奈、佐々木 栄太、笠井 柊杜、花岡 健二郎
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ねじれ型分子内電荷移動(TICT)機構に基づく酵素活性検出蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      杉本 瑞樹、佐々木 栄太、大野 久史、花岡 健二郎
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 高速QM/MM計算の開発と生体分子ダイナミクスへの応用2022

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水溶性向上による実用的な蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      神保 大地、友重 秀介、佐藤 伸一、花岡 健二郎、石川 稔
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] リソソーム内pHを定量可能な実用的レシオ型pH蛍光プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      野本 歩夢、花岡 健二郎、溝口 舞、浦野 泰照
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Anharmonic vibrational calculations of hydrogen bond network in protein using vibrational quasi-degenerate perturbation theory with localized coordinates2021

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi
    • 学会等名
      Pacifichem 2020, Advances in Hydrogen Bond Research
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Finding the reaction path of metalloenzyme using QM/MM in GENESIS2021

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi
    • 学会等名
      Pacifichem 2020, X-ray Free Electron Laser & Multidisciplinary Approaches: New Challenges in Metals in Structural Biology
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] QM/MM法の開発と生体分子の化学反応解析2021

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2021」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子化学と分子動力学の融合が拓く 高分子の分子機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      第1回溶液化学夏季講演会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a series of pH ratiometric fluorescence probes and their application to endosomal pH measurements2021

    • 著者名/発表者名
      Kenjiro Hanaoka
    • 学会等名
      Pacifichem2021 (#82)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of a pH ratiometric fluorescence probe for in vivo imaging and its biological applications2021

    • 著者名/発表者名
      Kenjiro Hanaoka
    • 学会等名
      Pacifichem2021 (#73)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規蛍光団の創製を基盤とした蛍光プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      花岡 健二郎
    • 学会等名
      第42回 光化学若手の会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ねじれ型分子内電荷移動(TICT)機構に基づく蛍光消光を利用した蛍光プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      花岡 健二郎
    • 学会等名
      日本薬学会 第141年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算化学と振動分光の融合による高分子内分子動態解析法の開発と応用2020

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大規模QM/MM計算が拓く生命科学のフロンティア2020

    • 著者名/発表者名
      八木清
    • 学会等名
      第1回ピコバイオロジー研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 動物体内でのpH測定を目指した近赤外レシオ型蛍光プローブの開発2020

    • 著者名/発表者名
      花岡 健二郎
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 先端の分析法 第2版, 第3章, 1-1, pp294-2982022

    • 著者名/発表者名
      花岡 健二郎
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      (株)NTS
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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