単為発生線虫の比較ゲノム解析

• 研究課題/領域番号: 25250025
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 特任教授 (70135292)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 45,370千円 (直接経費: 34,900千円、間接経費: 10,470千円); 2016年度: 8,970千円 (直接経費: 6,900千円、間接経費: 2,070千円); 2015年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2014年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2013年度: 14,820千円 (直接経費: 11,400千円、間接経費: 3,420千円)
• キーワード: ゲノムアセンブリ / 線虫 / 単為生殖 / 進化 / 減数分裂 / ゲノム多様性 / 単為発生 / 染色体 / 遺伝子 / 発生・分化

研究成果の概要

真核生物では有性生殖が一般的であるが、モデル線虫C.エレガンスの近縁種のDiploscapter corontusは単為生殖を示す。雄も精子も観察されず、減数分裂は不完全である。単為生殖のゲノム基盤を明らかにするために、この線虫の比較ゲノム解析を行った。得られた170Mbpのドラフトゲノム配列は、ほぼ90％が平均5.7％ヘテロ接合性を示す相同対を構成し、二倍体ゲノムに対応すると考えられた。半数体相当ゲノムは染色体1本であった。C.エレガンスとの比較から、性決定や減数分裂に関わる遺伝子の欠損や異常が見られ、特にrec-8など減数分裂kleisinの欠損は単為生殖機構に関わる可能性が考えられた。

研究成果

• [国際共同研究] ケルン大学(ドイツ)
• [国際共同研究] ケルン大学(ドイツ)
• [雑誌論文] A whole-mount in situ hybridization method for microRNA detection in Caenorhabditis elegans. (2016)
  • 著者名/発表者名: Andachi Y. and Kohara Y.
  • 雑誌名: RNA 巻: 22(7) 号: 7 ページ: 1099-106
  • DOI: 10.1261/rna.054239.115
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Co-expression of the transcription factors CEH-14 and TTX-1 regulates AFD neuron-specific genes gcy-8 and gcy-18 in C. elegans. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kagoshima H, and Kohara Y.
  • 雑誌名: Dev Biol. 巻: 15 号: 2 ページ: 325-336
  • DOI: 10.1016/j.ydbio.2015.01.010
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] C.elegans初期胚における母性mex-3 mRNAの局在化は細胞運命の確実な決定に必要である (2016)
  • 著者名/発表者名: 金野宏之、野口浩毅、小原雄治
  • 学会等名: 第39回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2016-11-30
• [学会発表] C.elegans初期胚における母性mex-3 mRNAの局在化は細胞運命の決定に必要である。 (2015)
  • 著者名/発表者名: 金野宏之、野口浩毅、小原雄治
  • 学会等名: 38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学大会合同大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-03
• [学会発表] Mechanism and significance of the maternal mex-3 mRNA localization in C. elegans. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Konno, Koki Noguchi, Yuji Kohara
  • 学会等名: 20th International C. elegans Meeting
  • 発表場所: UCLA, USA
  • 年月日: 2015-06-24
  • 国際学会
• [学会発表] Genome and transcriptome analysis of the parthenogenetic nematode Diploscapter coronatus (2014)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Hiraki, Hiroshi Kagoshima, Yumiko Ueta, Christopher Kraus, Philipp Schiffer, Einhard Schierenberg and Yuji Kohara
  • 学会等名: 日本分子生物学会第37回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] Mechanisms and implication of the maternal mex-3 mRNA localization in C. elegans. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Konno, Koki Noguchi and Yuji Kohara
  • 学会等名: 日本分子生物学会第37回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] The worm transcriptome: the past and the future (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuji Kohara
  • 学会等名: C. elegans Development Topic Meeting / Asia-Pacific C. elegans Meeting
  • 発表場所: Nara
  • 年月日: 2014-07-16 – 2014-07-19
  • 招待講演
• [学会発表] Genome and transcriptome analysis of the parthenogenetic nematode Diploscapter coronatus (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Hiraki, H. Kagoshima, Y. Ueta, C. Kraus, P. Schiffer, E. Schierenberg, Y. Kohara
  • 学会等名: 日本分子生物学会第36回年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
• [備考] D.coronatusゲノムブラウザ
  • URL: http://nematode.lab.nig.ac.jp/d_coronatus/
• [備考] 線虫遺伝子発現データベース（NEXTDB）
  • URL: http://nematode.lab.nig.ac.jp/
• [備考] 線虫遺伝子発現データベース（NEXTDB）
  • URL: http://nematode.lab.nig.ac.jp/