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ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明

研究課題

研究課題/領域番号 26290065
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 ゲノム生物学
研究機関東京大学 (2016-2017)
沖縄科学技術大学院大学 (2014-2015)

研究代表者

新里 宙也  東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)

研究分担者 酒井 一彦  琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (50153838)
中島 祐一  沖縄科学技術大学院大学, 海洋生態物理学ユニット, 研究員 (50581708)
研究協力者 座安 佑奈  沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (50746691)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2016年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2015年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2014年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードサンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 / 集団解析
研究成果の概要

生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可能な汎用性の高い遺伝子マーカーの開発、それを使用した天然のサンゴの集団構造や養殖サンゴの遺伝的多様性の調査を行った。この方法は、他の海洋生物の遺伝子マーカーの開発や集団構造の解析にも応用された。

報告書

(5件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2018 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 4件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 11件、 謝辞記載あり 7件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Genetic diversity of farmed and wild populations of the reef-building coral, Acropora tenuis2018

    • 著者名/発表者名
      Zayasu Yuna、Satoh Noriyuki、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Restoration Ecology

      巻: 印刷中 号: 6 ページ: 1195-1202

    • DOI

      10.1111/rec.12687

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unexpectedly complex gradation of coral population structure in the Nansei Islands, Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Yuna Zayasu, Yuichi Nakajima, Kazuhiko Sakai, Go Suzuki, Noriyuki Satoh, Chuya Shinzato
    • 雑誌名

      Ecology and Evolution

      巻: 6 号: 15 ページ: 5491-5505

    • DOI

      10.1002/ece3.2296

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Hope for coral reef rehabilitation: massive synchronous spawning by outplanted corals in Okinawa, Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Yuna Zayasu, Chuya Shinzato
    • 雑誌名

      Coral Reefs

      巻: 35 号: 4 ページ: 1295-1295

    • DOI

      10.1007/s00338-016-1463-7

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Mesoderm-Forming Gene brachyury Regulates Ectoderm-Endoderm Demarcation in the Coral Acropora digitifera2016

    • 著者名/発表者名
      Yuuri Yasuoka, Chuya Shinzato, Noriyuki Satoh
    • 雑誌名

      Curent Biology

      巻: 26 号: 21 ページ: 2885-2892

    • DOI

      10.1016/j.cub.2016.08.011

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The mitochondrial genome sequence of a deep-sea, hydrothermal vent limpet, Lepetodrilus nux, presents a novel vetigastropod gene arrangement2016

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Nakajima, Chuya Shinzato, Mariia Khalturina, Masako Nakamura, Hiromi Watanabe, Noriyuki Satoh, Satoshi Mitarai
    • 雑誌名

      Marine genomics

      巻: 28 ページ: 121-126

    • DOI

      10.1016/j.margen.2016.04.005

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genetic differentiation and connectivity of morphological types of the broadcast-spawning coral Galaxea fascicularis in the Nansei Islands, Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Y, Zayasu Y, Shinzato C, Satoh N, Mitarai S
    • 雑誌名

      Ecology and Evolution

      巻: 6 号: 5 ページ: 1457-1469

    • DOI

      10.1002/ece3.1981

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Genome-wide SNP analysis explains coral diversity and recovery in the Ryukyu Archipelago2015

    • 著者名/発表者名
      Chuya Shinzato, Sutada Mungpakdee, Nana Arakaki, Noriyuki Satoh
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 18211-18211

    • DOI

      10.1038/srep18211

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Novel polymorphic microsatellite markers reveal genetic differentiation between two sympatric types of Galaxea fascicularis2015

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Y, Shinzato C, Satoh N, Mitarai S
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 7 ページ: e0130176-e0130176

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0130176

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development of novel, cross-species microsatellite markers for Acropora corals using next-generation sequencing technology.2014

    • 著者名/発表者名
      Shinzato, C., Yasuoka, Y., Mungpakdee, D., Arakaki, N., Fujie, M., Nakajima, Y., Satoh, N.
    • 雑誌名

      Front. Mar. Sci.,

      巻: 2014 ページ: 1-14

    • DOI

      10.3389/fmars.2014.00011

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A genomic approach to coral-dinoflagellate symbiosis: Studies of Acropora digitifera and Symbiodinium2014

    • 著者名/発表者名
      Shinzato, C., Mungpakdee, S., Satoh, N., Shoguchi, E.
    • 雑誌名

      Frontier in Microbiology

      巻: 2014 ページ: 1-18

    • DOI

      10.3389/fmicb.2014.00336

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Cross-species, amplifiable microsatellite markers for neoverrucid barnacles from deep-sea hydrothermal vents developed using next-generation sequencing.2014

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Y, Shinzato C, Khalturina M, Watanabe H, Inagaki F, Satoh N, Mitarai S.
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 15 号: 8 ページ: 14364-71

    • DOI

      10.3390/ijms150814364

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Cnidarian genomes and transcriptomes provide a platform for understanding evolution of venoms in the animal kingdom2016

    • 著者名/発表者名
      Chuya Shinzato, Noriyuki Satoh, Konstantin Khalturin
    • 学会等名
      日本生化学会
    • 発表場所
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2016-09-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムデータを用いた沖縄のコユビミドリイシサンゴの集団解析2016

    • 著者名/発表者名
      新里宙也・Mungpakdee Sutada・新垣奈々・佐藤矩行
    • 学会等名
      日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京海洋大学
    • 年月日
      2016-03-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 全ゲノムSNPデータを用いた沖縄のサンゴの集団ゲノム学解析2015

    • 著者名/発表者名
      新里宙也・Mungpakdee Sutada・新垣奈々・佐藤矩行
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      中央大学後楽園キャンパス
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたミドリイシ属サンゴに広く使用できるマイクロサテライトマーカーの開発2014

    • 著者名/発表者名
      新里 宙也,安岡 由貴,Sutada Mungpakdee,座安 佑奈,新垣 奈々,藤江 学,中島 祐一,佐藤 矩行
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会
    • 発表場所
      高知城ホール
    • 年月日
      2014-11-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シークエンサーを用いたミドリイシ属サンゴに広く使用できるマイクロサテライトマーカーの開発2014

    • 著者名/発表者名
      新里 宙也,安岡 由貴,Sutada Mungpakdee,座安 佑奈,新垣 奈々,藤江 学,中島 祐一,佐藤 矩行
    • 学会等名
      日本動物学会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2014-09-11
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2014-04-04   更新日: 2019-03-29  

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