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サンゴに共生する光合成性アピコンプレクサ類の比較ゲノム学的研究

公募研究

研究領域複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
研究課題/領域番号 25128712
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

將口 栄一  沖縄科学技術大学院大学, その他の研究科, 研究員 (90378563)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2014年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2013年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
キーワードSymibodinium / ゲノム構造 / イントロン / 遺伝子配置 / プラスチド / サンゴ / 共生 / 進化 / 渦鞭毛藻の核ゲノム / 褐虫藻 / ゲノム進化
研究実績の概要

褐虫藻Symbiodinium minutum(クレードB1)のプラスチドゲノムの全配列の決定とそのトランスクリプトームが非常に多くのRNA編集を受けているという結果を共同研究者らとまとめ、論文として報告した(Mungpakdee eta al., 2014)。また昨年度報告したS. minutumの核ゲノムの配列とその解析結果を報告した論文(Shoguchi et al., 2013)を中心に、渦鞭毛藻類のゲノム配列とそのユニークな構造に関しての総説を報告した(Shoguchi, 2014)。さらに共同研究者らとサンゴとその共生藻Symbiodiniumの共生関係をゲノム科学的研究により明らかにするために、これまで報告してきた結果についてまとめ、総説として報告した(Shinzato et al. 2014)。
褐虫藻クレードA3(2,200Mb)とC(2,700Mb)のゲノム概要配列(クレードB1と同程度の質)を決定し、そのゲノム上の遺伝子の位置を連携研究者らの協力を得つつ、決定した。当初計画していたアピコンプレクサを実験材料として用いることができなかったため、今年度はクレードA3, B1, Cを用いたサンゴへの共生実験に加え、サンゴのプラヌラ幼生に非常に感染しやすい2種の褐虫藻を用いた実験を追加した。実験の再現性を確認するため、サンゴAcropora digitiferaのプラヌラ幼生に3種の褐虫藻を感染させる実験を昨年度と同様に行った。サンゴ幼生を加えることにより発現変動する褐虫藻遺伝子を明らかにし、サンゴ幼生との共生に重要な遺伝子群の候補に関して、アピコンプレクサ遺伝子との類似性を比較解析しつつ、報告する予定である。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Massive gene transfer and extensive RNA editing of a symbiotic dinoflagellate plastid genome.2014

    • 著者名/発表者名
      Mungpakdee, S., Shinzato, C., Takeuchi, T., Kawashima, T., Koyanagi, R., Hisata, K., Tanaka, M., Goto, H., Fujie, M., Lin, S., Satoh, N., and Shoguchi, E.
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol.

      巻: 6 号: 6 ページ: 1408-1422

    • DOI

      10.1093/gbe/evu109

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A genomic approach to coral-dinoflagellate symbiosis: Studies of Acropora digitifera and Symbiodinium2014

    • 著者名/発表者名
      Shinzato, C., Mungpakdee, S., Satoh, N., Shoguchi, E.
    • 雑誌名

      Frontier in Microbiology

      巻: 2014 ページ: 1-18

    • DOI

      10.3389/fmicb.2014.00336

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] An unusual dinoflagellate nuclear genome2014

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi, E.
    • 雑誌名

      The Japanese Journal of Protozoology

      巻: 47 ページ: 5-12

    • NAID

      130005254776

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] サンゴ礁を生んだ無脊椎動物と藻類の共生は, どのように進化したのか?2014

    • 著者名/発表者名
      將口栄一, 新里宙也
    • 雑誌名

      秀潤社

      巻: 33 ページ: 454-458

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] 渦鞭毛藻類の独特な核ゲノム2014

    • 著者名/発表者名
      將口栄一
    • 雑誌名

      原生動物学雑誌

      巻: 47 ページ: 1-8

    • NAID

      130005254776

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] サンゴ礁を生んだ無脊椎動物と藻類の共生は, どのように進化したのか?2014

    • 著者名/発表者名
      將口栄一, 新里宙也
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 33 ページ: 454-458

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure2013

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi1, E., Shinzato, C., Kawashima, T., Gyoja, F., et al.
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 23 号: 15 ページ: 1399-1408

    • DOI

      10.1016/j.cub.2013.05.062

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MarinegenomicsDB: An Integrated Genome Viewer for Community-Based Annotation of Genomes2013

    • 著者名/発表者名
      Koyanagi, R., Takeuchi, T., Hisata, K., Gyoja, F., Shoguchi, E., Satoh, N., Kawashima, T.
    • 雑誌名

      Zoological science

      巻: 30 号: 10 ページ: 797-800

    • DOI

      10.2108/zsj.30.797

    • NAID

      40019826380

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] サンゴに共生する渦鞭毛藻類のユニークなゲノム構造2013

    • 著者名/発表者名
      將口栄一
    • 雑誌名

      生物の科学 遺伝

      巻: 67 ページ: 466-471

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A first assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure2014

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi, E
    • 学会等名
      JOINT AQUATIC SCIENCES MEETING 2014
    • 発表場所
      Oregon Convention Center
    • 年月日
      2014-05-18 – 2014-05-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] サンゴに共生する渦鞭毛藻類のゲノム構造とその進化

    • 著者名/発表者名
      將口栄一
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際展示場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] サンゴに共生する褐虫藻のゲノム解読

    • 著者名/発表者名
      將口栄一
    • 学会等名
      3分野合同シンポジウム(新学術領域研究「生命科学系3分野支援活動/がん・ゲノム・脳」)
    • 発表場所
      一橋大学一橋講堂
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] MarinegenomicsDB

    • URL

      http://marinegenomics.oist.jp/genomes/gallery

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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