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婦人科悪性腫瘍における深層学習を利用したクロマチン3次元構造のマルチモーダル解析

研究課題

研究課題/領域番号 20H03820
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分56040:産婦人科学関連
研究機関東京大学

研究代表者

曾根 献文  東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90598872)

研究分担者 田口 歩  東京大学, 医学部附属病院, 届出研究員 (60756782)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2021年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2020年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
キーワードエピゲノム / ヒストン修飾 / 子宮体癌 / 卵巣癌 / SUV39H2 / PARP阻害剤 / 子宮肉腫 / ChIP-seq / ATAC-seq / 卵巣類内膜癌 / 深層学習 / 薬剤耐性 / クロマチン立体構造 / Hi-C解析 / ChIP-seq法
研究開始時の研究の概要

我々は婦人科悪性腫瘍を対象とし、多層的なヒストン修飾が及ぼすクロマチンの3次元構造の変化を解析する事により、がん化、がんの進展メカニズムを解明する。また多種類のヒストン修飾、クロマチンの立体構造の変化、DNAメチル化、ゲノム変異、臨床情報についてマルチモーダル解析を行い、がんの全体像を解明する。最終的にクロマチンの3次元構造の解析から抗がん剤の治療効果を予測するエピゲノムバイオマーカーの同定や新規エピゲノム治療薬の開発を行う。以上の事を明らかにするためにChIP-seq法、実験ロボット、Hi-C解析、人工知能による深層学習といった最先端の技術を駆使して解析する。

研究成果の概要

我々は婦人科悪性腫瘍を対象とし、多層的なヒストン修飾が及ぼすクロマチンの変化を解析する事により、主に以下の研究を行った。①婦人科癌におけるヒストンメチル化酵素SETD8の治療標的の可能性について:SETD8が子宮体癌、卵巣漿液性癌において発現が亢進した、SETD8を抑制すると、H4K20メチル化を介して特定の癌抑制遺伝子が亢進する事によりアポトーシスが誘導された。②子宮体癌におけるPRMT6-ERVネットワークを標的とした新規治療法の開発について:子宮体癌においてPRMT6の高発現が認められ、その抑制はヒストン修飾を介して内因性レトロウイルスを上昇させる事によりアポトーシスを誘導した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒトゲノム計画が終了し、がん研究においてもゲノムの網羅的解析が進んでいるにも関わらず、がんの解明、根治には至っていない。その大きな理由としてエピゲノム、特にヒストン修飾の解析が進んでいない事が挙げられる。本研究によりヒストン修飾が癌化、その進展に関わることがChIP-sea法等のエピゲノム解析により示唆された。また婦人科癌においてヒストン修飾が新たな治療標的となり得ることがわかり、ゲノムを超えた新規治療標的薬開発の一旦を担う研究であると考える。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 4件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 14件)

  • [雑誌論文] Histone arginine methyltransferase CARM1 selective inhibitor TP-064 induces apoptosis in endometrial cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Inoue Futaba、Sone Kenbun、Toyohara Yusuke、Tanimoto Saki、Takahashi Yu、Kusakabe Misako、Kukita Asako、Honjoh Harunori、Nishijima Akira、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Iriyama Takayuki、Uchino Mayuyo-mori、Tsuruga Tetsushi、Wada-Hiraike Osamu、Oda Katsutoshi、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 601 ページ: 123-128

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.02.086

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] MED1, a novel binding partner of BRCA1, regulates homologous recombination and R-loop processing2022

    • 著者名/発表者名
      Honjoh Harunori、Tanikawa Michihiro、Wada-Hiraike Osamu、Oda Katsutoshi、Inaba Hirofumi、Kukita Asako、Kawata Yoshiko、Kusakabe Misako、Tsuchimochi Saki、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Sone Kenbun、Tsuruga Tetsushi、Mori-Uchino Mayuyo、Matsumoto Yoko、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 17140-17140

    • DOI

      10.1038/s41598-022-21495-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a deep learning method for improving diagnostic accuracy for uterine sarcoma cases2022

    • 著者名/発表者名
      Toyohara Yusuke、Sone Kenbun、Noda Katsuhiko、Yoshida Kaname、Kurokawa Ryo、Tanishima Tomoya、Kato Shimpei、Inui Shohei、Nakai Yudai、Ishida Masanori、Gonoi Wataru、Tanimoto Saki、Takahashi Yu、Inoue Futaba、Kukita Asako、Kawata Yoshiko、Taguchi Ayumi、Furusawa Akiko、Miyamoto Yuichiro et al
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 19612-19612

    • DOI

      10.1038/s41598-022-23064-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Suspicious Positive Peritoneal Cytology (Class III) in Endometrial Cancer Does Not Affect Prognosis2022

    • 著者名/発表者名
      Sone Kenbun、Suzuki Eri、Taguchi Ayumi、Honjoh Harunori、Nishijima Akira、Eguchi Satoko、Miyamoto Yuichiro、Iriyama Takayuki、Mori Mayuyo、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Medicine

      巻: 11 号: 21 ページ: 6527-6527

    • DOI

      10.3390/jcm11216527

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Recurrent malignant melanoma of the uterine cervix treated with anti-PD-1 antibodies and anti-CTLA-4 antibodies: A case report2022

    • 著者名/発表者名
      Sone Kenbun、Kukita Asako、Masui Yuri、Yamada Daisuke、Shinozaki-Ushiku Aya、Kawata Akira、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Iriyama Takayuki、Mori-Uchino Mayuyo、Tsuruga Tetsushi、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Molecular and Clinical Oncology

      巻: 16 号: 3 ページ: 1-6

    • DOI

      10.3892/mco.2022.2496

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Histone Methyltransferase SETD8 Regulates the Expression of Tumor Suppressor Genes via H4K20 Methylation and the p53 Signaling Pathway in Endometrial Cancer Cells2022

    • 著者名/発表者名
      Kukita Asako、Sone Kenbun、Wada-Hiraike Osamu (21)、Oda Katsutoshi、Hamamoto Ryuji、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 14 号: 21 ページ: 5367-5367

    • DOI

      10.3390/cancers14215367

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transiently elevated D‐dimer levels post‐concentrated ascites reinfusion therapy cannot be used to predict deep vein thrombosis‐pulmonary embolism2022

    • 著者名/発表者名
      Sone Kenbun、Taguchi Ayumi、Kawata Akira、Eguchi Satoko、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Uchino‐Mori Mayuyo、Iriyama Takayuki、Tsuruga Tetsushi、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Obstetrics and Gynaecology Research

      巻: 48 号: 3 ページ: 817-823

    • DOI

      10.1111/jog.15162

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] The metabolic stress-activated checkpoint LKB1-MARK3 axis acts as a tumor suppressor in high-grade serous ovarian carcinoma2022

    • 著者名/発表者名
      Hidenori Machino, Syuzo Kaneko, Masaaki Komatsu, Noriko Ikawa, Ken Asada, Ryuichiro Nakato, Kanto Shozu, Ai Dozen, Kenbun Sone, Hiroshi Yoshida, Tomoyasu Kato, Katsutoshi Oda, Yutaka Osuga, Tomoyuki Fujii, Gottfried von Keudell, Vassiliki Saloura, Ryuji Hamamoto
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 39-39

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02992-4

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Application of artificial intelligence in gynecologic malignancies: A review2021

    • 著者名/発表者名
      Sone Kenbun、Toyohara Yusuke、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Uchino‐Mori Mayuyo、Iriyama Takayuki、Tsuruga Tetsushi、Osuga Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Obstetrics and Gynaecology Research

      巻: 47 号: 8 ページ: 2577-2585

    • DOI

      10.1111/jog.14818

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Genome-Wide Chromatin Analysis of FFPE Tissues Using a Dual-Arm Robot with Clinical Potential2021

    • 著者名/発表者名
      Kaneko S、Mitsuyama T、Shiraishi K、Ikawa N、Shozu K、Dozen A、Machino H、Asada K、Komatsu M、Kukita A、Sone K、Yoshida H、Motoi N、Hayami S、Yoneoka Y、Kato T、Kohno T、Natsume T、Keudell GV、Saloura V、Yamaue H、Hamamoto R
    • 雑誌名

      Cancers

      巻: 13 号: 9 ページ: 2126-2126

    • DOI

      10.3390/cancers13092126

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Enhanced antitumor activity of combined lipid bubble ultrasound and anticancer drugs in gynecological cervical cancers2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Kohei、Matsumoto Yoko、Suzuki Ryo、Nishida Haruka、Omata Daiki、Inaba Hirofumi、Kukita Asako、Tanikawa Michihiro、Sone Kenbun、Oda Katsutoshi、Osuga Yutaka、Maruyama Kazuo、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 112 号: 6 ページ: 2493

    • DOI

      10.1111/cas.14907

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A low preoperative albumin-to-globulin ratio is a negative prognostic factor in patients with surgically treated cervical cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Kawata Akira、Taguchi Ayumi、Baba Satoshi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Sone Kenbun、Tsuruga Tetsushi、Mori Mayuyo、Oda Katsutoshi、Kawana Kei、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      International Journal of Clinical Oncology

      巻: 26 号: 5 ページ: 980-985

    • DOI

      10.1007/s10147-021-01861-8

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intraperitoneal Administration of a Cisplatin-Loaded Nanogel through a Hybrid System Containing an Alginic Acid-Based Nanogel and an <i>In Situ</i> Cross-Linkable Hydrogel for Peritoneal Dissemination of Ovarian Cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Kohei、Hiraike Osamu、Iwaki Haruna、Matsumiya Kazuki、Nakamura Noriko、Sone Kenbun、Ohta Seiichi、Osuga Yutaka、Ito Taichi
    • 雑誌名

      Molecular Pharmaceutics

      巻: 18 号: 11 ページ: 4090-4098

    • DOI

      10.1021/acs.molpharmaceut.1c00514

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Elevated placental histone H3K4 methylation via upregulated histone methyltransferases SETD1A and SMYD3 in preeclampsia and its possible involvement in hypoxia-induced pathophysiological process.2021

    • 著者名/発表者名
      H. Matsui, T. Iriyama, S. Sayama, N. Inaoka, K. Suzuki, M. Yoshikawa, M. Ichinose, K. Sone, K. Kumasawa, T. Nagamatsu, T. Fujisawa, I. Naguro, H. Ichijo, T. Fujii, Y. Osuga
    • 雑誌名

      Placenta

      巻: 115 ページ: 60-69

    • DOI

      10.1016/j.placenta.2021.09.009

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] History of whole pelvis plus para-aortic radiation is a risk factor associated with febrile neutropenia during chemotherapy for recurrent cervical cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Nara Katsuhiko、Taguchi Ayumi、Tojima Yuri、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Sone Kenbun、Mori Mayuyo、Tsuruga Tetsushi、Yamamoto Takehito、Takenaka Ryosuke、Takada Tappei、Osuga Yutaka、Suzuki Hiroshi
    • 雑誌名

      International Journal of Clinical Oncology

      巻: 26 号: 9 ページ: 1759-1766

    • DOI

      10.1007/s10147-021-01950-8

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of murine double-minute 2 inhibitors in preclinical models of advanced clear cell carcinomas originating from ovaries and kidneys2020

    • 著者名/発表者名
      Kawata Yoshiko、Nagasaka Kazunori、Oda Katsutoshi、Makii Chinami、Takeuchi Makoto、Oki Shinya、Honjo Harunori、Kojima Machiko、Miyagawa Yuko、Taguchi Ayumi、Tanikawa Michihiro、Sone Kenbun、Hiraike Haruko、Matsumoto Yoko、Wada‐Hiraike Osamu、Ayabe Takuya、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 111 号: 10 ページ: 3824

    • DOI

      10.1111/cas.14583

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Usefulness of biopsy by office hysteroscopy for endometrial cancer: A case report2020

    • 著者名/発表者名
      Sone Kenbun、Eguchi Satoko、Asada Kayo、Inoue Futaba、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Tsuruga Tetsushi、Mori?Uchino Mayuyo、Matsumoto Yoko、Hiraike?Wada Osamu、Oda Katsutoshi、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Molecular and Clinical Oncology

      巻: 13 号: 2 ページ: 141-145

    • DOI

      10.3892/mco.2020.2053

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Desensitization strategy for hypersensitivity reactions to carboplatin in five patients with gynecological cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Toyohara Yusuke、Sone Kenbun、Nishida Haruka、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Mori Mayuyo、Tsuruga Tetsushi、Matsumoto Yoko、Oda Katsutoshi、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Journal of Obstetrics and Gynaecology Research

      巻: 46 号: 11 ページ: 2298

    • DOI

      10.1111/jog.14443

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The histone methyltransferase SMYD2 is a novel therapeutic target for the induction of apoptosis in ovarian clear cell carcinoma cells2020

    • 著者名/発表者名
      Kojima Machiko、Sone Kenbun、Oda Katsutoshi、Hamamoto Ryuji、Kaneko Syuzo、Oki Shinya、Kukita Asako、Kawata Akira、Honjoh Harunori、Kawata Yoshiko、Kashiyama Tomoko、Sato Masakazu、Taguchi Ayumi、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Tsuruga Tetsushi、Nagasaka Kazunori、Wada?Hiraike Osamu、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Oncology Letters

      巻: 20 号: 5 ページ: 1-1

    • DOI

      10.3892/ol.2020.12014

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epigenetic Modifier SETD8 as a Therapeutic Target for High-Grade Serous Ovarian Cancer2020

    • 著者名/発表者名
      Wada Miku、Kukita Asako、Sone Kenbun、Hamamoto Ryuji、Kaneko Syuzo、Komatsu Masaaki、Takahashi Yu、Inoue Futaba、Kojima Machiko、Honjoh Harunori、Taguchi Ayumi、Kashiyama Tomoko、Miyamoto Yuichiro、Tanikawa Michihiro、Tsuruga Tetsushi、Mori-Uchino Mayuyo、Wada-Hiraike Osamu、Osuga Yutaka、Fujii Tomoyuki
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 10 号: 12 ページ: 1686-1686

    • DOI

      10.3390/biom10121686

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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